关于银行三方账户监管协议中甲方是否可以查乙方账户的问题，这主要取决于协议的具体条款以及相关法律法规的规定。
首先，我们需要明确的是，银行三方账户监管协议通常涉及甲方（可能是监管方或资金提供方）、乙方（被监管方或资金使用方）以及银行三方。这类协议的核心目的是确保资金的安全、合规使用，并可能包含对账户资金流动的监控条款。
从协议条款的角度来看：
如果协议中明确规定了甲方有权查询乙方账户：那么在这种情况下，甲方是可以根据协议条款查询乙方账户的。这种查询权可能是全面的，也可能是针对特定交易或资金流动的。
如果协议中没有明确规定甲方有权查询乙方账户：那么甲方通常无权直接查询乙方账户。此时，如果甲方需要了解乙方账户的情况，可能需要通过其他合法途径，如与乙方协商、通过法律程序等。
从法律法规的角度来看：
根据您提供的《审计署 人民银行 银保监会 证监会关于审计机关查询单位和个人在金融机构账户和存款有关问题的通知》等相关法律法规，审计机关在特定条件下（如经县级以上人民政府审计机关负责人批准，且有证据证明被审计单位违反国家规定将公款转入其他单位、个人在金融机构账户）有权查询相关单位、个人的账户和存款。然而，这些规定主要适用于审计机关的审计活动，并不直接适用于银行三方账户监管协议中的甲方。
综合建议：
仔细审查协议条款：甲方应首先仔细审查与乙方签订的银行三方账户监管协议，明确其中是否包含查询乙方账户的条款。
与乙方协商：如果协议中没有明确规定查询权，但甲方出于监管或风险控制的需要希望了解乙方账户情况，可以与乙方进行协商，看是否能够达成补充协议或获得乙方的书面同意。
遵守法律法规：在任何情况下，甲方都应遵守相关法律法规，不得通过非法手段查询乙方账户。
寻求法律意见：如果甲方对协议条款或法律法规的理解存在疑问，可以寻求专业法律意见，以确保自身行为的合法性和合规性。