被车撞后两年发现修配厂进行了切割，赔偿问题需要根据实际情况和法律规定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一. 确定事故责任
- 责任认定：首先，需要明确交通事故的责任方。如果事故是对方的全责，那么对方或其保险公司应承担赔偿责任。
二. 评估损失与赔偿范围
- 车辆损失：根据《中华人民共和国民法典》第一千一百八十四条，侵害他人财产的，财产损失应按照损失发生时的市场价格或其他合理方式计算。对于车辆被切割的情况，车主有权要求赔偿车辆维修费用，包括切割、焊接、喷漆等所有与修复车辆相关的费用。
- 车辆贬值损失：虽然法律没有明确规定此项赔偿，但在实践中，车主可以通过与对方协商或诉讼的方式，争取获得因车辆价值贬损而产生的赔偿。这通常取决于车辆的实际价值、损坏程度以及修复后的市场价值等因素。
- 其他相关损失：如因车辆维修期间无法使用而产生的交通费用等，这些损失应当是合理且能够证明的。
三. 法律程序与证据保留
- 协商赔偿：在提出赔偿要求前，车主应尝试与对方或保险公司进行协商，以达成赔偿协议。
- 证据保留：车主应保留所有与事故相关的证据，如事故现场照片、维修费用清单、定损报告等，以便在需要时提供证明。
- 法律途径：如果协商无果，车主可以选择通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼。在此过程中，车主需要提供充分的证据来支持其赔偿要求。
四. 特殊情况处理
- 时效性问题：需要注意的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事权利的诉讼时效一般为三年。因此，如果事故发生在两年前，且车主在此之前未提出赔偿要求，可能会面临时效性问题。然而，具体情况还需根据当地法律法规和案件具体情况来判断。
综上所述，被车撞后两年发现修配厂进行了切割，赔偿问题需要根据事故责任、损失评估、法律程序以及特殊情况处理等多个方面来综合判断。我建议车主尽快与对方或保险公司进行协商，并保留好相关证据，以便在需要时通过法律途径维护自己的权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。