房产证被中介挪用的违约金，主要依据合同条款中的明文规定加以确定。具体分析如下：
一. 违约金的计算依据
合同条款：若合同内已经详细地列明了违约金的计算方法或者具体金额，那么应严格按照该合同的约定执行。这是双方基于自愿原则达成的约定，具有法律约束力。
实际损失与服务阶段：如果合同中有相关规定但不明确，或者没有直接约定违约金，那么可能需要结合中介机构所提供服务的各个阶段以及由此产生的实际损失等多方面的因素进行充分考量后再做决定。在司法裁决中，法院会倾向于采用公平公正的原则，并结合实际状况来确定相对合理的违约金金额。
二. 违约金的计算方式
固定金额或比例：通常，违约金可能会是中介所收取的定金或服务费用的一定比例，或是事先约定好的固定金额。但违约金的总额度不得超过实际遭受的损失，否则，另一方有权向法院或仲裁机构提出申请，要求对违约金进行适当的调整和削减。
综合评估：如果合同未明确约定，且实际损失难以直接计算，那么可能需要综合考虑服务阶段、中介的过错程度、客户的实际损失等因素，由法院或仲裁机构进行裁决。
三. 注意事项
支付时间节点：违约金的支付时间节点通常会在合同中明确约定，若未按约定时间支付，可能会引发新的纠纷。因此，在签订合同时，应仔细审查相关条款。
支付方式：违约金的支付方式也很关键，是一次性支付还是分期支付等，都需要在合同中明确。这有助于避免后续因支付方式而产生的争议。
我建议，在面临房产证被中介挪用的情况时，首先应查看合同条款中关于违约金的约定。如果条款明确，则按约定执行；如果条款不明确或没有约定，则应尽快咨询专业律师，以便结合实际情况制定合理的违约金计算方案，并通过法律途径维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。