首先，关于您是否可以继续经营店铺的问题：
若协议中明确店铺经营权归您：
- 在协议离婚中，如果双方已经明确约定店铺的经营权归您所有，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么您有权继续经营该店铺。法人身份未变更并不影响您作为实际经营者的权利，但建议您尽快办理相关法人变更手续，以避免未来可能出现的法律纠纷。
若协议中未明确店铺经营权归属：
- 如果离婚协议中并未明确店铺经营权的归属，那么情况会相对复杂。此时，您需要与对方协商确定经营权的归属，或者通过法律途径解决争议。在协商或诉讼过程中，法院会综合考虑店铺的出资情况、经营贡献、双方的经济状况等因素，来判定经营权的归属。
接下来，关于对方来闹事是否违法的问题：
若对方行为构成扰乱经营秩序：
- 如果对方来店铺闹事，干扰了您的正常经营活动，比如阻止顾客进店、破坏店铺设施等，这些行为可能构成扰乱经营秩序，违反了《治安管理处罚法》的相关规定。您有权向公安机关报案，要求对方停止侵害并承担相应的法律责任。
若对方行为构成侵权或犯罪：
- 如果对方的行为更加恶劣，比如对您进行人身攻击、威胁或实施其他暴力行为，这些行为可能构成侵权或犯罪，如故意伤害罪、寻衅滋事罪等。在这种情况下，您应立即报警，并保留好相关证据，以便后续通过法律途径维护自己的合法权益。
建议与提醒：
- 在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，避免与对方发生直接冲突。
- 尽快与对方协商解决争议，如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决。
- 在经营过程中，注意保留好相关证据，如经营记录、合同协议等，以备不时之需。
- 如果您在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。
总之，协议离婚后店铺的经营权问题需要根据离婚协议的具体内容来确定。如果对方来闹事干扰了您的正常经营，您有权通过法律途径维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。