核心结论：变压器超容量运行，在交电费时是否会被罚款，需结合具体供电合同条款、地方电力管理规定以及超容量运行的实际情况综合判断，以下分情况说明。

1. 供电合同有明确约定
   若用户与供电公司签订的《供用电合同》中明确约定了变压器容量限制及超容量运行的违约责任（如按超容量部分收取违约金或加收电费），则用户超容量运行50千瓦时，供电公司有权依据合同条款收取额外费用，这可能表现为“罚款”形式。
   法律依据：根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担违约责任。合同明确约定超容量责任时，用户需按约履行。

2. 地方电力管理规定有特殊要求
   部分地区电力管理部门会出台地方性规章，对变压器超容量运行设定行政处罚（如罚款、限电等）。例如，某些省份规定，用户变压器容量超过核准值的20%以上，电力部门可处以罚款并要求整改。
   操作建议：用户需查询当地《电力设施保护条例》或《供电营业规则》实施细则，确认是否存在此类规定。若存在，超容量运行可能同时触发合同违约责任和行政处罚。

3. 超容量运行未造成实际危害
   若超容量运行未导致电网负荷过载、设备损坏或影响其他用户用电，供电公司可能仅通过调整电费（如按最大需量计费）或要求限期整改处理，而非直接“罚款”。但需注意，长期超容量运行可能被认定为恶意违约，加重责任。
   风险提示：即使未被罚款，超容量运行也可能导致变压器过热、缩短使用寿命，甚至引发安全事故，用户需评估经济与安全风险。

行动建议：

1. 立即核对《供用电合同》中关于容量限制的条款，确认是否明确约定超容量责任；
   
2. 联系当地供电公司或电力管理部门，查询地方规定是否对超容量运行有行政处罚；
   
3. 若超容量运行属短期、临时需求，可申请临时增容或调整用电方案，避免持续违约。
   

如有进一步疑问（如合同条款解读、地方规定查询等），可直接向我咨询，我将结合具体情境提供法律分析。