偷拍机密文件在多数情况下是违法的，具体违法情形及法律后果如下：
一、违法情形
侵犯国家秘密
- 若机密文件属于国家秘密范畴，如军事、外交、经济等领域的敏感信息，未经授权擅自偷拍将构成对国家秘密的侵犯。根据《中华人民共和国保守国家秘密法》及相关规定，任何组织和个人不得非法获取、持有国家秘密载体，偷拍机密文件显然违反了这一规定。
侵犯商业秘密
- 若机密文件涉及企业的商业秘密，如技术信息、经营信息等，偷拍行为可能构成对商业秘密的侵犯。根据《中华人民共和国反不正当竞争法》，经营者不得实施侵犯商业秘密的行为，包括以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密。偷拍机密文件若涉及商业秘密，将可能面临法律责任。
侵犯个人隐私或肖像权（如涉及个人机密信息）
- 虽然机密文件通常不涉及个人隐私或肖像权，但若文件中包含个人敏感信息，如身份证号、银行卡号等，偷拍行为可能间接侵犯个人隐私权。此外，若偷拍行为本身涉及对个人形象的拍摄（尽管这种情况在机密文件偷拍中较为罕见），还可能构成对肖像权的侵犯。
二、法律后果
行政处罚
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十二条，偷窥、偷拍、窃听、散布他人隐私的行为可处以拘留或罚款。若偷拍机密文件被认定为侵犯隐私（尽管更侧重于国家秘密或商业秘密），也可能面临类似的行政处罚。但更常见的是，针对国家秘密或商业秘密的侵犯，会依据专门法律进行处罚。
刑事责任
- 若偷拍机密文件行为严重，如涉及国家秘密的泄露，可能构成故意泄露国家秘密罪，依据《中华人民共和国刑法》相关规定，将面临有期徒刑、拘役或管制等刑事处罚。若涉及商业秘密的侵犯，且情节严重，也可能构成侵犯商业秘密罪，同样面临刑事责任。
民事责任
- 无论偷拍机密文件行为是否构成犯罪，若给权利人造成损失，偷拍者都可能需承担民事责任，包括赔偿损失、消除影响、赔礼道歉等。
三、特殊情形下的合法性探讨
- 在极少数情况下，如为了公共利益或新闻报道目的，且严格遵守法律程序和条件，可能对机密文件进行合法拍摄。但这种情况极为罕见，且需经过严格审查和批准。
四、建议与警示
- 尊重法律与秘密：无论是国家秘密还是商业秘密，都受到法律的严格保护。偷拍机密文件是违法行为，将面临严重的法律后果。
- 提高法律意识：公众应提高法律意识，了解并遵守相关法律法规，避免无意中侵犯他人或国家的秘密。
- 及时举报：若发现偷拍机密文件的行为，应及时向有关部门举报，以维护国家的安全和利益。
如有任何关于偷拍机密文件或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。