核心结论：台籍女儿和大陆籍妈妈办理关系公证，一般可通过以下两种主要途径进行，具体需根据实际情况选择合适方式。

1. 通过大陆地区公证机构办理亲属关系公证

   • 适用情形：若主要证明材料在大陆，或希望在大陆使用该公证文书（如用于大陆的房产过户、继承等事务）。
   • 办理流程：
     • 准备材料：妈妈和女儿的有效身份证件（妈妈为大陆居民身份证，女儿为台湾居民来往大陆通行证或其他有效身份证明）、户口簿（如能体现母女关系）、出生医学证明（如有）、其他能证明母女关系的材料（如户籍证明、人事档案等）。
     • 前往公证机构：妈妈和女儿共同前往大陆具有涉外公证资格的公证处（一般省级或较大的市级公证处具备涉外资质），填写公证申请表。
     • 公证员审查与询问：公证员会对提交的材料进行审查，并可能询问母女双方一些关于亲属关系的问题，以确认关系的真实性。
     • 缴纳公证费并领取公证书：经审查无误后，按照公证处的收费标准缴纳公证费，之后可领取公证书。公证书一般会注明妈妈和女儿的姓名、身份证件号码、亲属关系等内容。
   • 注意事项：由于涉及台湾地区，部分公证处可能对材料的要求更为严格，建议提前电话咨询公证处了解具体要求。

2. 通过台湾地区公证机构办理亲属关系公证并经海基会转递至大陆使用

   • 适用情形：若主要证明材料在台湾，或需要在台湾办理相关事务后再到大陆使用该公证文书（如涉及在台湾的财产继承后在大陆处理相关事宜等）。
   • 办理流程：
     • 在台湾办理公证：女儿作为台湾居民，可在台湾当地的公证机构（如地方法院公证处）办理亲属关系公证。需提供能证明母女关系的材料，如户籍誊本等。公证人会对相关材料进行审查并制作公证书。
     • 海基会转递：台湾公证机构会将公证书副本送交海基会，海基会会对公证书进行验证并加盖转递章，然后转递至大陆的海协会。
     • 大陆使用：妈妈或女儿可持经海基会转递的公证书正本及相关身份证明，在大陆需要使用该公证书的部门（如法院、房产管理部门等）办理相关事务。
   • 注意事项：此方式涉及两岸之间的文书转递程序，时间可能相对较长，且需要关注两岸相关政策的变化对文书转递的影响。同时，在台湾办理公证时，要确保公证机构具有合法资质。