在执行阶段，确实可以申请拍卖被执行人持有的公司股权。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，当被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务时，人民法院有权查封、扣押、冻结、拍卖、变卖被执行人应当履行义务部分的财产。这其中包括被执行人持有的公司股权。因此，从法律层面讲，申请拍卖被执行人持有的公司股权是有明确依据的。
二、申请流程
提交申请：执行申请人需要向执行法院提交书面申请，明确请求拍卖被执行人持有的公司股权，并提供相关证据材料，如股权证明、被执行人未履行义务的证据等。
法院审查：执行法院会对申请进行审查，核实相关证据材料，确认被执行人确实持有公司股权且未履行义务。
评估与拍卖：若法院审查通过，会委托专业机构对股权进行评估，确定拍卖底价。随后，法院会通过公开拍卖的方式出售股权，并将拍卖所得款项用于清偿被执行人的债务。
三、注意事项
股权价值评估：在申请拍卖前，需要对被执行人持有的公司股权进行准确的价值评估。这有助于确定合理的拍卖底价，确保拍卖的公平性和有效性。
拍卖程序合规性：拍卖过程需要严格遵守相关法律法规和拍卖程序，确保拍卖的公开、公平、公正。任何违规行为都可能导致拍卖无效或引发法律纠纷。
其他债权人利益：如果被执行人有多项债务，拍卖所得款项可能需要按照法定顺序或债权人协商的结果进行分配。因此，在申请拍卖前，需要了解被执行人的债务情况，并考虑其他债权人的利益。
四、可能遇到的法律问题及建议
股权权属争议：如果被执行人持有的公司股权存在权属争议，如股权转让纠纷、继承纠纷等，可能会影响拍卖的进行。此时，需要先解决权属争议，再申请拍卖。
公司章程限制：有些公司章程可能对股权转让设有特别限制，如优先购买权、转让程序等。在申请拍卖前，需要仔细审查公司章程，确保拍卖不会违反相关规定。
执行异议：被执行人或其他利害关系人可能会对拍卖提出执行异议。此时，需要依法应对异议，维护自身合法权益。
建议：在申请拍卖被执行人持有的公司股权前，务必进行充分的法律研究和风险评估。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。