配合调查时扣留手机是否违法，需分情况讨论：
手机为涉案物品时：
- 根据《治安管理处罚法》第八十九条的规定，公安机关办理治安案件时，对与案件有关的需要作为证据的物品，可以扣押。这意味着，如果手机被认定为涉案物品，即与案件直接相关且可能作为证据使用，那么公安机关有权进行扣押。
- 在此情况下，扣留手机是合法的，但公安机关应当会同在场见证人和被扣押物品持有人查点清楚，当场开列清单一式二份，由调查人员、见证人和持有人签名或者盖章，一份交给持有人，另一份附卷备查。同时，对扣押的物品，公安机关应当妥善保管，不得挪作他用。
手机非涉案物品时：
- 同样依据《治安管理处罚法》第八十九条，对与案件无关的物品，不得扣押。因此，如果手机并非涉案物品，那么公安机关无权扣留。
- 在协助调查时，手机等个人物品通常应交给公安机关保管，并开具暂扣单。等传唤结束后，当事人可以凭暂扣单领回手机等物品。这一过程中，公安机关应确保个人物品的安全，不得损坏或丢失。
法律建议与后果：
- 如果您认为手机被非法扣留，您有权要求公安机关出具扣押清单，并了解扣押的具体原因和法律依据。
- 若公安机关无法提供合法依据或扣押行为违反法律规定，您可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向上一级公安机关投诉或提起行政诉讼。
- 在配合调查时，建议保持冷静和理性，按照公安机关的要求进行操作。如果对扣押行为有异议，可以在事后通过合法途径表达诉求。
总结与提醒：
- 配合调查时扣留手机是否违法，关键在于手机是否为涉案物品。是涉案物品时，扣留合法；非涉案物品时，扣留违法。
- 在任何情况下，公安机关都应遵守法律规定，确保扣押行为的合法性和正当性。作为公民，我们也有权了解自己的权益并依法维护。
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