针对您提出的“违建在农业农村局立案后可以撤案吗”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，已立案的违法案件在符合法定情形时，是有可能被撤销的。这主要取决于案件的具体情况和相关法律法规的规定。
对于违建案件在农业农村局立案后能否撤案，我们可以从以下几个方面来考虑：
管辖权问题：
- 如果立案后发现该违建案件实际上并不属于农业农村局的管辖范围，比如该违建行为发生在其他部门或地区的管辖区域内，那么农业农村局可以依照相关程序规定撤销立案。
行为合法性认定：
- 在调查过程中，如果农业农村局发现当事人（如违建者）的行为并不构成违法，或者有充分证据表明当事人是在执行合法的职务行为（尽管这种情况在违建案件中较为罕见），那么农业农村局也可以依法撤销立案。
法定程序：
- 撤销立案并不是随意进行的，而是需要遵循一定的法定程序。例如，可能需要经过农业农村局负责人的批准，或者需要提交相关的证据材料和撤销立案的申请书等。
诉讼程序的影响：
- 如果违建案件已经进入了诉讼程序（比如当事人提起了行政诉讼或民事诉讼），那么撤销立案就需要经过法院的审查并作出裁定。在民事诉讼中，原告可以申请撤回起诉，但需要经过法院的审查同意；在行政诉讼中，如果符合法定条件，法院也可能裁定撤销立案。
具体到您的案例：
- 如果农业农村局在立案后发现该违建案件不属于其管辖范围，或者经过深入调查认定当事人的行为并不构成违法，那么它可以依照相关程序规定撤销立案。
- 但如果案件已经进入了诉讼程序，那么撤销立案就需要经过法院的审查并作出相应的裁定。
总结：
违建在农业农村局立案后能否撤案，取决于案件的具体情况、相关法律法规的规定以及是否遵循了法定程序。如果符合撤销立案的法定情形，并且经过了相应的法定程序，那么是可以撤销立案的。但如果您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，建议您咨询专业的法律人士或律师。