结论：运管未现场查获，但有充分证据证明违法事实的，仍可对顺风车进行处罚。具体分析如下：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关交通运输法规，行政处罚的成立需满足“违法事实清楚、证据确凿”的条件，不要求必须现场查获。运管部门可通过乘客笔录、行车轨迹、支付记录、平台数据等间接证据形成完整证据链，证明顺风车存在以营利为目的的非法营运行为（如超出合理分摊成本收费、频繁接单等）。

2. 顺风车合法性的核心界定
   合法顺风车需满足：以车主自用为目的，分摊部分出行成本，且不得以盈利为主要目的。若运管通过调查发现：

   • 车主通过平台频繁接单，收费明显超过实际成本（如油费、过路费）；
     
   • 乘客与车主无真实合乘意图（如固定路线、固定时间接送）；
     
   • 平台数据或乘客证言证明存在营利行为，
     则即使未现场查获，也可认定非法营运并处罚。

3. 实务中的证据收集
   运管可能通过以下方式取证：

   • 调取平台订单记录（如接单频率、收费标准）；
     
   • 询问乘客或车主制作笔录；
     
   • 委托第三方机构鉴定费用是否合理；
     
   • 结合行车轨迹分析是否符合自用需求。
     若证据充分，即使未当场拦截，处罚决定仍可能被法院支持。

4. 车主的抗辩空间
   若车主认为处罚不当，可主张：

   • 收费仅为合理分摊成本（需提供费用明细）；
     
   • 接单行为属于偶然合乘，非经营性活动；
     
   • 运管证据存在瑕疵（如笔录程序违法、数据不完整）。
     但需注意，抗辩需有实质证据支持，否则难以推翻处罚。

建议：若您收到运管处罚通知，应首先核查处罚依据的证据是否充分，必要时可申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合证据材料进一步分析。