结论：未参与经营的非大股东借用公司款超过二年，但有协议付息并还款，是否构成挪用资金罪，需结合具体情况判断，不一定构成挪用资金罪。以下从不同角度进行分析：
一、挪用资金罪的构成要件
挪用资金罪，是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。其构成要件主要包括：
- 主体要件：必须是公司、企业或者其他单位的工作人员。
- 主观要件：具有挪用资金的故意。
- 客观要件：利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，且满足数额较大、超过三个月未还，或进行营利活动、非法活动的条件。
二、具体情形分析
未参与经营的非大股东身份：
- 若该股东虽为公司股东，但并未在公司担任任何职务，也未利用职务上的便利进行挪用，则不符合挪用资金罪的主体要件和客观要件中的“利用职务上的便利”这一要素。
- 若该股东虽未直接参与经营，但通过其他方式（如影响公司决策等）利用了职务上的便利进行挪用，则可能构成挪用资金罪。
有协议付息并还款：
- 若有明确的协议，且按照协议付息并还款，这表明该股东与公司之间存在一种借贷关系，而非单纯的挪用。然而，这种借贷关系是否合法，还需看是否符合公司章程、相关法律法规以及是否经过公司正当程序批准。
- 如果该借贷行为未经公司正当程序批准，或者违反了公司章程、相关法律法规，即使有协议付息并还款，也可能被视为挪用资金，尤其是当数额较大、超过三个月未还时。
借用款项的时间和数额：
- 挪用资金罪要求数额较大且超过三个月未还。如果借用款项的数额未达到“较大”标准，或者虽然数额较大但未超过三个月即已归还，则不构成挪用资金罪。
- “数额较大”的标准可能因地区、时间等因素而有所不同，需结合具体案件情况判断。
三、法律建议
- 审查借贷行为的合法性：检查该借贷行为是否符合公司章程、相关法律法规以及是否经过公司正当程序批准。
- 评估数额和时间：确认借用款项的数额是否达到“较大”标准，以及是否超过三个月未还。
- 咨询专业律师：由于挪用资金罪的认定涉及多个方面，且每个案件的具体情况都有所不同，因此建议咨询专业律师进行详细评估。
总结：未参与经营的非大股东借用公司款超过二年，但有协议付息并还款，是否构成挪用资金罪需结合具体情况判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。