公司股东未经授权使用原作废的公章出具的工程款欠条，一般情况下对公司是无效的，但存在例外情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、公章作废后的法律效力
公章作废的意义：公章是公司对外表示意思的重要工具，一旦公章被作废，即意味着该公章不再代表公司的真实意思表示。因此，使用作废的公章进行的任何法律行为，原则上都不应产生法律效力。
股东未经授权使用作废公章：股东作为公司的内部成员，虽然可能了解公司的运营情况，但未经公司授权，擅自使用作废的公章进行法律行为，属于无权代理。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无权代理行为未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。
二、欠条的效力分析
欠条作为债权凭证：欠条是证明债权债务关系的重要凭证。然而，其效力不仅取决于形式上的完整性，更取决于其内容是否真实反映了双方的债权债务关系，以及出具欠条的行为是否合法有效。
使用作废公章出具的欠条：由于公章已经作废，且股东未经授权使用，因此该欠条在形式上就存在瑕疵。如果公司对此行为不予追认，那么该欠条对公司而言就是无效的。
三、例外情况
尽管一般情况下使用作废公章出具的欠条对公司无效，但也存在例外情况：
公司事后追认：如果公司事后对股东使用作废公章出具欠条的行为进行了追认，那么该欠条就可能对公司产生法律效力。追认的方式可以是明示的，也可以是默示的（如公司实际履行了欠条中的义务）。
相对人善意且无过失：如果相对人（即欠条的持有人）在接受欠条时是善意的，且没有过失（即不知道也不应当知道公章已经作废），那么在某些情况下，为了保护相对人的利益，法院可能会认定该欠条对公司产生一定的法律效力。但这种情况较为罕见，且需要严格的证据支持。
四、法律建议
公司应加强公章管理：为了避免类似纠纷的发生，公司应加强对公章的管理，确保公章的使用符合公司规定和法律法规的要求。
及时采取法律措施：如果公司发现股东未经授权使用作废公章出具欠条，应及时采取法律措施，如向法院提起诉讼或向公安机关报案，以维护公司的合法权益。
咨询专业律师：在处理此类纠纷时，公司应咨询专业律师的意见，以确保法律行为的合法性和有效性。
总结来说，公司股东未经授权使用原作废的公章出具的工程款欠条，一般情况下对公司是无效的。但存在公司事后追认或相对人善意且无过失等例外情况。因此，公司在处理此类纠纷时，应综合考虑各种因素，并咨询专业律师的意见。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。