市场监督管理有权查公司合同，但必须遵循法定的权限和程序。以下是对这一问题的详细分析：
一、市场监督管理的合同检查权限
法律依据：
- 根据《合同行政监督管理办法》（国家市场监督管理总局令第77号）第十七条，县级以上市场监督管理部门对涉嫌违反该办法的合同行为进行查处时，可以依法采取包括查阅、调取、复制与涉嫌违法行为有关的合同等资料在内的多项措施。这表明市场监督管理部门在合同监管方面具有明确的法律授权。
检查范围：
- 市场监督管理部门对合同的检查不仅限于合同文本本身，还可能涉及与合同相关的经营场所、票据、账簿等资料。这是为了全面了解合同行为，确保合同交易的合法性和公平性。
二、市场监督管理检查合同的程序要求
出示执法证件：
- 执法人员在进行合同检查时，必须向公司出示有效的执法证件，以证明其执法身份和权限。这是确保执法合法性和公正性的重要环节。
制作检查记录：
- 检查过程中，执法人员需制作详细的检查记录，记录检查情况和发现的问题。这有助于后续处理和监督，确保检查的透明度和可追溯性。
遵守频次上限：
- 根据相关规定，市场监督管理部门对公司进行合同检查的频次每年度不超过2次（特定专项检查除外）。这有助于避免过度检查，减轻公司负担。
三、公司应对市场监督管理合同检查的建议
积极配合：
- 当市场监督管理部门对公司进行合同检查时，公司应积极配合，如实提供相关资料和信息。这有助于顺利完成检查，避免不必要的法律纠纷。
了解自身权益：
- 公司应了解自身在合同检查中的权益，如要求执法人员出示执法证件、对检查记录进行签字确认等。同时，公司也有权对违法检查行为进行投诉和举报。
寻求法律帮助：
- 如果公司在合同检查中遇到法律问题或纠纷，可以及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以为公司提供法律咨询、代理诉讼等服务，维护公司的合法权益。
四、市场监督管理违法检查的法律后果
如果市场监督管理部门在合同检查中违反法定权限和程序，如未出示执法证件、超频次检查等，公司有权通过法律途径维护自身权益。例如，公司可以向上一级市场监督管理部门或同级人民政府申请行政复议，或者向人民法院提起行政诉讼。
总结来看，市场监督管理有权查公司合同，但必须遵循法定的权限和程序。公司在面对合同检查时，应积极配合、了解自身权益，并在必要时寻求法律帮助。如果您在合同检查方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见和帮助。