结论：公司因自身原因停业三天并扣除员工全勤奖是否合法，需根据具体情况和劳动合同、公司规章制度的内容来判断，不能一概而论。

法律分析：

1. 全勤奖的性质与约定：

   • 全勤奖通常是公司为了鼓励员工全勤而设立的一种奖励。其发放条件、标准等往往会在劳动合同或公司规章制度中明确约定。
   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了全勤奖的发放不受公司停业影响，或者未将公司停业作为扣除全勤奖的理由，那么公司扣除全勤奖的行为可能构成违约或违规。

2. 公司停业的原因与责任：

   • 公司因自身原因停业，如设备故障、管理问题等，导致员工无法正常工作，这通常不被视为员工的过错。
   • 在这种情况下，如果公司扣除员工的全勤奖，可能需要考虑其合理性。因为全勤奖的目的是鼓励员工全勤，而非惩罚公司自身的停业行为。

3. 法律法规的考量：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
   • 如果公司的规章制度或劳动合同中未明确规定公司停业可以扣除全勤奖，或者该规定违反了法律法规的强制性规定，那么公司扣除全勤奖的行为可能不合法。

建议与行动：

• 查看劳动合同与公司规章制度：首先，员工应仔细查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解全勤奖的发放条件和扣除理由。
• 与公司沟通协商：如果认为公司扣除全勤奖的行为不合理，员工可以与公司进行沟通协商，表达自己的观点和诉求。
• 寻求法律援助：如果沟通协商无果，员工可以寻求法律援助，如咨询专业律师或向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司扣除全勤奖的行为被认定为不合法，公司可能需要补发全勤奖，并可能面临劳动行政部门的处罚。
• 如果员工因此与公司产生纠纷，可能会影响双方的劳动关系，甚至导致劳动争议或诉讼。

总结：公司因自身原因停业三天并扣除员工全勤奖是否合法，需根据具体情况和劳动合同、公司规章制度的内容来判断。员工在遇到此类情况时，应仔细查看相关合同和制度，与公司进行沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。