不建议通过私下签订协议的方式将登记在您个人名下的电动车转让给公司，这种操作存在法律风险，正确的做法是通过合法程序完成车辆所有权变更登记。以下是详细分析：
一、私下签订协议的法律风险
物权变动效力问题：根据《中华人民共和国民法典》第二百二十四条，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但是法律另有规定的除外。对于车辆这类特殊动产，其物权变动不仅需要交付，还需要依法办理登记。因此，仅通过私下签订协议，未办理变更登记，车辆的所有权并未发生法律上的转移。
合同效力风险：虽然双方签订的协议在民事法律关系上可能有效，但该协议仅对双方具有约束力，不能对抗善意第三人。如果公司未来因债务问题被追偿，该车辆可能因仍登记在您名下而被视为您的财产，从而被纳入执行范围。
税务风险：车辆转让可能涉及增值税、个人所得税等税费。私下转让可能无法准确核算税费，导致偷税漏税风险，一旦被税务机关查处，将面临补缴税款、滞纳金及罚款等法律责任。
二、合法转让程序
签订书面转让合同：双方应签订书面的车辆转让合同，明确车辆信息、转让价格、交付时间、违约责任等条款。
办理车辆过户手续：携带车辆登记证书、行驶证、双方身份证明及转让合同等材料，到当地车辆管理所办理车辆过户手续。过户完成后，车辆的所有权将正式转移至公司名下。
缴纳相关税费：根据当地税务机关的规定，缴纳车辆转让过程中应缴纳的税费。
三、建议
遵守法律法规：在车辆转让过程中，务必遵守相关法律法规，确保转让程序的合法性和有效性。
咨询专业人士：如果您对车辆转让程序不熟悉，建议咨询当地车辆管理所或专业律师，以确保转让过程的顺利进行。
保留相关证据：在转让过程中，保留好转让合同、过户手续、税费缴纳凭证等相关证据，以备不时之需。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。