针对您提出的“限行被拍再申请怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，车辆违反限行规定被拍到后，其处罚方式主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，并结合各地区的具体执行情况。一般来说，处罚主要包括罚款，而罚款金额和是否扣分则可能因地区和具体情况而有所不同。
一、一般处罚情况
罚款金额：在多数地区，对于违反限行规定的车辆，通常会处以100元的罚款。但也有一些特殊地区或情况下，罚款金额可能会有所不同，如深圳地区对于违反限行规定通行的车辆，将按照冲禁令予以300元的处罚。
是否扣分：多数地区对于违反限行规定的车辆不扣分，但也有一些地区或特殊情况下可能会扣分。例如，成都等地对于外地车违反限行规定可能会罚款100元并记3分。
二、关于“再申请”的情况
如果您在限行时间内需要开车进出限行区域，并且已经申请了通行证，但仍然被拍到违反限行规定，那么处罚方式将与未申请通行证的情况相同。也就是说，即使您已经申请了通行证，但如果违反了限行规定，仍然会受到相应的处罚。
三、特殊处罚情况
多次违规：有些地区为了加强对限行规定的执行力度，对于多次违反限行规定的行为会加重处罚，比如罚款金额递增。
其他处罚措施：在极少数情况下，对于严重违反限行规定且拒不改正，或者造成严重交通拥堵等恶劣影响的，可能会被暂扣驾驶证一段时间。此外，在一些地区，车辆的违法记录会与年检挂钩，如果车辆有未处理的限行违规记录，可能会影响车辆的正常年检。
四、建议与总结
为了避免不必要的处罚，我建议您严格遵守当地的限行规定，关注交通部门的公告和提示，合理规划出行路线和时间。如果您确实需要在限行时间内开车进出限行区域，可以提前申请通行证，并确保在通行证规定的时间内和路线内行驶。
同时，对于已经发生的违规行为，您应及时处理并缴纳罚款，以免影响车辆的正常使用和年检。如果您对处罚有异议，可以按照相关规定进行申诉或复议。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。