针对您提出的“主犯两个月没查清楚从犯怎么办”的问题，这实际上涉及到了刑事诉讼程序中关于共同犯罪案件的审理期限以及主犯与从犯的处理方式。以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，在共同犯罪案件中，主犯和从犯的刑事责任是分别认定的。即使主犯在两个月内没有被查清楚或抓获，这并不影响对从犯的审理和判决。司法机关会根据已掌握的证据和事实，对从犯的犯罪行为进行独立评价，并依法作出判决。

关于审理期限，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民法院审理公诉案件，应当在受理后两个月内作出判决，最迟不超过三个月。对于适用简易程序审理的案件，法院应当在二十日内审结；而对于可能判处有期徒刑超过三年的案件，审理期限可以延长至一个半月（但需注意，这里的“一个半月”并非指从受理之日起算，而是在两个月的基础上可适当延长）。不过，这些期限规定主要是针对整个案件的审理，而非特指主犯或从犯的审理。

在实际操作中，如果主犯尚未被抓获或查清，但司法机关已经掌握了足够的证据来证明从犯的犯罪行为，那么司法机关仍然可以依法对从犯进行审理和判决。判决后，如果主犯后续被抓获或查清，司法机关会继续对其犯罪行为进行审理，但这并不影响之前对从犯判决的效力。

此外，如果主犯对原审判决提出上诉，这并不必然引发从犯所涉案件进入二审阶段。二审是否启动，取决于上诉人的上诉理由是否涉及从犯的罪责范围或定罪依据。如果上诉人的上诉请求未牵扯到从犯，且二审法院仅就上诉人的诉求进行审理，那么从犯的判决可能不受影响，无需经过二审程序。当然，如果从犯对原审判决也持有异议，其同样享有上诉权，可以触发二审程序。

综上所述，即使主犯在两个月内没有被查清楚或抓获，司法机关仍然可以依法对从犯进行审理和判决。审理期限会根据案件的具体情况和适用的程序进行确定。如果您或您身边的人正遇到类似的法律难题，建议及时咨询专业的法律人士以获取更具体的法律建议。