股份合作制企业和有限责任公司在法律适用上并不完全一致。以下是对这一问题的详细分析：
一、股份合作制企业的法律地位及适用法律
法律地位：股份合作制企业是一种独立的企业形态，它并不属于股份有限公司或有限责任公司。这种企业形式具有其独特的组织结构和运营方式，既吸收了公司制企业的某些特征，又保留了合伙制企业的一些元素。
适用法律：由于股份合作制企业不属于公司法所规定的公司类型，因此《公司法》中关于股份有限公司和有限责任公司的规定并不直接适用于股份合作制企业。股份合作制企业的设立、运营和管理主要依据《关于发展城市股份合作企业的指导意见》等相关部门规章。然而，在实际操作中，如果股份合作制企业的内部规定或章程没有明确规定某些事项，可以参照《公司法》或《合伙企业法》的相关规定进行处理。
二、有限责任公司的法律地位及适用法律
法律地位：有限责任公司是一种典型的公司形式，具有独立的法人资格。它由股东出资设立，股东以其出资额为限对公司承担责任。
适用法律：有限责任公司完全适用《公司法》的规定。从公司的设立、组织机构、股权转让、合并分立到解散清算等各个环节，都受到《公司法》的严格规范和监管。
三、两者在法律适用上的差异
法律框架不同：股份合作制企业主要依据部门规章进行设立和管理，而有限责任公司则完全适用《公司法》的规定。
治理结构差异：虽然两者都可能设立股东会、董事会和监事会等治理机构，但股份合作制企业的治理结构可能更加灵活，受到企业章程和内部规定的约束更多。而有限责任公司的治理结构则更加严格，必须遵循《公司法》的明确规定。
股东权利与义务：在股份合作制企业中，股东的权利和义务可能更加多样化，受到企业章程和内部规定的调整。而在有限责任公司中，股东的权利和义务则更加明确和统一，由《公司法》进行规范。
建议：在实际操作中，如果涉及股份合作制企业或有限责任公司的法律问题，应首先明确企业的法律地位和适用法律。对于股份合作制企业，应重点关注其企业章程和内部规定；对于有限责任公司，则应严格遵循《公司法》的相关规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况提供专业的法律意见。