在破产案件中，对已经被法院查封的财产，原则上应当解除查封。这一结论主要基于《中华人民共和国企业破产法》及相关司法解释的规定，以下从不同角度进行详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国企业破产法》第十九条：
- 明确规定：“人民法院受理破产申请后，有关债务人财产的保全措施应当解除，执行程序应当中止。”这一条款直接规定了破产案件中查封财产的解除原则。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国企业破产法〉若干问题的规定（二）》第七条：
- 进一步强调：“对债务人财产已采取保全措施的相关单位，在知悉人民法院已裁定受理有关债务人的破产申请后，应当依照企业破产法第十九条的规定及时解除对债务人财产的保全措施。”这一规定明确了相关单位在破产案件中的义务。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十八条：
- 列举了应解除查封、扣押、冻结的具体情形，包括债务已经清偿、被执行人提供担保且申请执行人同意解除查封等，为破产解除查封提供了更详细的法律支撑。
二、解除查封的程序
通知与解除：
- 法院受理破产申请后，会向已知的对债务人财产采取保全措施的单位发送通知，要求其解除查封等保全措施。
- 管理人持受理破产裁定书及指定管理人决定书，有权书面通知相关单位解除保全措施，并将财产移交给管理人接管。
相关单位配合：
- 收到通知的单位应按照要求及时办理解封手续，如提交解封申请、经审核批准后在相关登记系统中变更查封状态。
- 若认为财产不属于破产财产或不能解除保全，应在规定时间内书面反馈给管理人或法院。
监督与协调：
- 法院对解除查封过程进行监督，确保程序合法、及时。
- 出现争议或问题时，法院负责协调处理，保障破产程序顺利进行。
三、特殊情况及处理
轮候查封的处理：
- 首封解除后，轮候查封并不自动解除，需按轮候顺序依次处理。
- 破产程序中对财产的统一处置安排可能影响后续轮候查封的效力。
查封财产涉及第三人权益的处理：
- 解封时需充分考虑第三人的合法权益，如所有权、抵押权等。
- 根据具体情况，在保障第三人权益的前提下对财产进行处置或安排。
财产权属争议：
- 对查封财产存在权属争议的，管理人应及时提起确认之诉以明确权属。
其他执行措施的处理：
- 破产法未明确规定的其他执行措施（如限制出境、纳入失信被执行人名单等），需根据具体情况和相关法律规定决定是否解除。
四、实务操作建议
及时通知与沟通：
- 法院和管理人应及时向相关单位发送解除查封的通知，并保持沟通，确保解封程序顺利进行。
保护第三人权益：
- 在解封过程中，应充分考虑并保护第三人的合法权益，避免因解封而损害其利益。
依法处置破产财产：
- 管理人应依法处置破产财产，确保所有债权人能够公平受偿。
总结来看，在破产案件中，对已经被法院查封的财产，原则上应当解除查封，以确保破产程序的顺利进行和全体债权人的公平受偿。然而，在实务操作中，也需考虑特殊情况及处理，如轮候查封、涉及第三人权益的财产等。因此，在处理破产案件时，应严格按照法律法规的规定执行，并注重保护各方当事人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。