核心结论：若因驾驶无牌电动车被罚款100元并扣6分，需根据车辆类型和当地法规处理，具体分两种情况。

1. 若电动车被认定为机动车（如超标电动车）

   • 法律依据：根据《道路交通安全法》第95条，驾驶未悬挂号牌的机动车上道路行驶，公安机关交通管理部门应扣留机动车，通知当事人提供相应牌证，并可处警告或20-200元罚款。若同时存在未取得驾驶证驾驶机动车的情形，还可能面临200-2000元罚款及15日以下拘留。
     
   • 处理步骤：
     
     • 确认车辆是否属于机动车范畴（需查看车辆合格证、参数是否超标）；
       
     • 若属机动车，需携带身份证、行驶证（如有）、处罚决定书到交警队接受处理，缴纳罚款并参加学习考试（如扣分达12分需重考科目一）；
       
     • 若车辆未登记上牌，需补办注册登记（部分城市对超标电动车已禁止上牌，可能面临车辆报废）。
       

2. 若电动车被认定为非机动车（如符合国标的电动自行车）

   • 法律依据：根据《道路交通安全法》第89条，非机动车驾驶人违反道路通行规定的，处警告或5-50元罚款；若拒绝接受罚款，可扣留非机动车。但非机动车违法通常不扣分（扣分针对机动车驾驶证）。
     
   • 可能情况：
     
     • 当地将超标电动车按机动车管理，但您持有机动车驾驶证，故按机动车违法处罚；
       
     • 处罚决定书存在错误（如将非机动车违法误录为机动车违法），可申请行政复议。
       
   • 处理建议：
     
     • 核对处罚决定书上的车辆类型、违法代码；
       
     • 若车辆确属非机动车，可向交警部门提出异议，要求撤销扣分记录；
       
     • 若车辆属机动车但未登记，需补办手续或接受处罚。
       

补充说明：

• 扣分记录会影响驾驶证清分周期，若一个周期内扣满12分，需参加7天交通安全学习并重考科目一；
  
• 各地对电动车管理政策差异较大（如部分城市禁止超标电动车上路），建议先通过当地交警官网或12123APP查询车辆属性及处罚依据。
  

如有处罚决定书照片或具体城市信息，可进一步分析处罚合法性。