在建设施工合同中，当同时存在本金（工程款）和违约金时，执行顺序需根据合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断，具体结论如下：

1. 合同有明确约定时，优先按约定执行

若合同中明确约定了本金与违约金的支付顺序（例如“先支付工程款，逾期未付则承担违约金”），则应优先遵循合同条款。此时，执行顺序以书面约定为准，法院或仲裁机构通常会尊重双方的真实意思表示。
关键点：合同条款需合法有效，不存在欺诈、胁迫或显失公平的情形。

2. 合同无约定时，本金与违约金可并行主张，但需注意执行顺序的合理性

若合同未明确约定顺序，根据《民法典》第五百八十五条（违约金条款）及合同履行原则，债权人（如承包方）可同时主张工程款本金及违约金。但在执行阶段，需分情况处理：

• 本金优先于违约金：若债务人（如发包方）财产不足以清偿全部债务，根据《民法典》及相关司法解释，工程款本金属于优先受偿范围（尤其涉及建设工程价款优先受偿权时），通常优先于违约金受偿。
  
• 违约金可单独主张：若本金已支付，但存在逾期付款等违约行为，债权人可单独要求支付违约金。
  关键点：违约金需以实际损失为基础，过高或过低的违约金可能被法院调整。

3. 执行阶段的实际处理原则

在强制执行程序中，法院会根据债务人的财产状况及债权性质分配执行款：

• 优先清偿工程款：若涉及农民工工资或工程材料款等优先债权，法院可能优先划拨款项用于支付本金。
  
• 违约金后续受偿：剩余财产不足时，违约金可能按比例受偿或暂缓执行。
  关键点：债权人需及时申请财产保全，并提交证据证明违约金计算的合理性。

4. 特殊情形：违约金与损失赔偿的竞合

若合同同时约定违约金和损失赔偿条款，根据《民法典》第五百八十四条，债权人只能选择其一主张（除非违约金不足以弥补实际损失）。此时，执行顺序可能转化为“选择主张路径”：

• 选择违约金：按合同约定比例或金额执行；
  
• 选择损失赔偿：需举证实际损失，由法院裁定赔偿范围。
  

建议：

1. 签订合同时，明确约定本金与违约金的支付顺序及条件；
   
2. 发生纠纷后，及时固定证据（如工程验收单、付款记录、违约通知等）；
   
3. 执行阶段主动申请参与分配，优先保障工程款本金。
   

如有具体合同条款或案件细节，可进一步提供，我将为您详细分析执行策略。