核心结论：您遇到购车发票金额与实际支付金额不符的情况，可能涉及税务、合同及消费者权益保护等多方面法律问题，需根据具体情况采取不同措施。以下是具体分析及建议：

1. 核实发票与合同的一致性

• 合同约定：首先检查购车合同中是否明确约定了车辆价格、付款方式及发票开具要求。若合同载明价格为5万元，但发票仅开具4万元，则卖方可能涉嫌违约或偷逃税款。
• 证据固定：保留购车合同、付款凭证（如转账记录、收据）、沟通记录（如微信、邮件）等证据，以证明实际支付金额与发票金额不符。

2. 卖方可能存在的法律责任

• 税务违法：根据《税收征收管理法》，卖方未按实际交易金额开具发票，可能构成“应开未开”或“虚开发票”行为，需承担补缴税款、滞纳金及罚款等责任。
• 消费者欺诈：若卖方故意少开发票以隐瞒真实价格，可能违反《消费者权益保护法》第五十五条，构成欺诈，您有权要求“退一赔三”（即返还购车款并赔偿三倍损失）。
• 合同违约：卖方未按合同约定履行义务（如开具足额发票），您可依据《民法典》第五百七十七条要求其继续履行、补开发票或赔偿损失。

3. 您的维权路径

• 与卖方协商：要求卖方补开发票或退还差价，并明确告知其法律后果。协商时建议书面记录（如邮件、短信），避免口头承诺。
• 向税务机关举报：若卖方拒绝补开，可向当地税务局举报（拨打12366纳税服务热线），税务机关将调查并责令整改，情节严重的可能移送公安机关。
• 提起民事诉讼：若协商、举报无果，可向法院起诉，主张卖方补开发票、赔偿损失或承担违约责任。需准备合同、付款凭证等证据。

4. 风险提示

• 证据充分性：若无法证明实际支付5万元（如无转账记录、仅现金交易），可能影响维权效果。建议未来交易尽量通过银行转账并备注用途。
• 时效限制：民事诉讼时效为3年，自知道权利受损之日起算，需及时主张权利。

行动建议：

1. 立即与卖方沟通，要求补开发票或退还差价；
   
2. 整理合同、付款凭证等证据；
   
3. 若卖方拒绝，可向税务局举报或直接起诉。
   

如有进一步疑问或需协助处理，可直接向我咨询，我将结合具体证据提供详细方案。