一式三份的合同，其分配通常遵循确保合同各方及可能需要留存备份的相关方都能获得合同原件的原则，具体分配应根据合同的性质、参与方及约定来确定。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同分配的基本原则与常见场景
甲乙双方各持一份：
- 在大多数合同场景中，作为直接参与交易的双方，甲乙双方必须各持有一份合同原件。这有助于双方在合同履行过程中随时查阅合同条款，确保自身权益得到保障，并在出现争议或需要修改合同时，有原始的合同文本作为依据。
第三份合同的灵活分配：
- 第三份合同的归属则根据具体情况而定。它可能交给见证人、公证机构、金融机构、政府部门或相关备案机构等。其目的在于作为中立的第三方证明，或者用于审核、备案和记录存档，以确保合同的合法性和有效性。
二、不同类型合同的具体分配情况
普通民事合同（如房屋租赁合同）：
- 在这类合同中，通常房东持有一份，租客持有一份。如有中介参与，第三份合同可能留存在房屋中介机构，用于协助处理纠纷和记录存档。
涉及政府部门备案的合同（如商品房买卖合同）：
- 对于需要政府部门备案的合同，如商品房买卖合同，开发商和购房者各持一份，第三份则提交给当地房地产管理部门进行备案。这有助于保障交易的合法性和规范性，防止违规行为。
企业合作合同（如三方合作协议）：
- 在企业合作合同中，协议三方（如两家公司与一家见证方）可能各执一份。各方留存合同以便履行各自权利义务，并在出现纠纷时作为书面证据维护自身合法权益。
劳动合同：
- 在签订劳动合同时，通常也是一式三份。用人单位留存一份作为与劳动者建立劳动关系的证明及后续管理、监督的依据；劳动者本人留存一份以保障其合法权益，随时查阅和了解合同内容；劳动行政部门（或相关备案机构）可能视具体情况留存一份，以便对劳动合同进行监管。
三、合同分配的重要性与注意事项
- 确保合同各方的权益：通过合理的合同分配，可以确保各方在合同履行过程中的权益得到充分保护。
- 便于管理和查询：各持一份合同有助于后续的管理和查询，提高工作效率。
- 提供纠纷解决依据：在发生纠纷时，合同原件是重要的法律依据，能够明确各方责任和义务。
- 根据具体情况灵活调整：在实际操作中，应根据具体的合同内容和交易情况来确定每份合同的归属，以确保合同的合法性和有效性。
建议：在签订合同时，各方应明确合同的分配方式，并在合同中注明每份合同的归属。如有需要，可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您在合同分配方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。