不合格药品的报损、销毁申请主体需根据药品类型及持有单位性质确定，具体分为以下两种情形：

1. 麻醉药品、精神药品的报损、销毁申请主体

根据《麻醉药品和精神药品管理条例》第六十一条规定：

• 生产、经营企业和使用单位：对过期、损坏的麻醉药品和精神药品，应当登记造册，并向所在地县级药品监督管理部门申请销毁。药品监督管理部门需自接到申请之日起5日内到场监督销毁。
• 医疗机构：对存放在本单位的过期、损坏麻醉药品和精神药品，需按照上述程序向卫生主管部门提出申请，由卫生主管部门负责监督销毁。

示例：某医院发现一批过期麻醉药品，需先登记造册，再向当地卫生主管部门提交销毁申请，由卫生主管部门安排监督销毁。

2. 普通不合格药品的报损、销毁申请主体

根据《中华人民共和国药品管理法》第八十三条第四款及《药品经营质量管理规范》第八十七条第四项规定：

• 药品监督管理部门：对已被注销药品注册证书、超过有效期等的药品，药品监督管理部门有权监督销毁或依法采取其他无害化处理措施。
• 药品经营企业：需按照《药品经营质量管理规范》要求，对不合格药品的处理过程建立完整的手续和记录，但法律未明确规定需由企业主动提出销毁申请，实践中通常由药品监督管理部门主导销毁流程。

示例：某药店发现一批过期普通药品，需按照规范记录处理过程，并配合药品监督管理部门完成销毁。

法律建议

1. 严格区分药品类型：麻醉药品、精神药品需严格遵循专项管理规定，普通药品则按一般流程处理。
2. 完善处理记录：无论何种药品，处理过程均需留存完整记录，以备监管部门核查。
3. 及时申请销毁：发现不合格药品后，应尽快按程序申请销毁，避免法律风险。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细法律意见。