核心结论：若孩子非男方亲生，在协议离婚时，需在离婚协议中明确孩子的抚养权归属、抚养费支付、探视权安排等关键事项，同时可就孩子非男方亲生这一事实进行特别约定。以下是具体说明：

1. 抚养权归属：

   • 双方应明确孩子的抚养权归哪一方所有。由于孩子并非男方亲生，从法律和伦理角度，男方可能没有法定的抚养义务（除非男方愿意并实际承担了抚养责任且形成了事实上的抚养关系）。因此，抚养权通常应归女方所有，但双方也可根据实际情况协商确定。
   • 若男方愿意继续抚养孩子，双方应在协议中明确男方的抚养意愿及相应的抚养责任，包括但不限于生活费、教育费、医疗费等费用的承担。

2. 抚养费支付：

   • 若抚养权归女方，男方作为非亲生父亲，原则上无需支付抚养费（除非双方有特别约定或男方自愿支付）。但若男方愿意支付，应在协议中明确支付金额、支付方式及支付期限。
   • 若抚养权归男方（且男方愿意承担），则女方可能需根据双方约定支付一定比例的抚养费，具体数额和支付方式也应在协议中明确。

3. 探视权安排：

   • 无论抚养权归哪一方，非直接抚养方都有权探视孩子。双方应在协议中明确探视的时间、方式、地点等具体事项，以确保孩子的身心健康和双方的合法权益。
   • 对于孩子非男方亲生的情况，探视权的安排可能更为敏感，双方应充分沟通，尊重孩子的意愿和感受，避免给孩子带来不必要的困扰。

4. 特别约定：

   • 双方可在协议中就孩子非男方亲生这一事实进行特别约定，如男方不承担孩子未来的任何费用（包括但不限于教育、医疗、结婚等费用），或者双方就孩子未来的某些事项（如姓氏变更、继承权等）进行特别说明。
   • 特别约定应明确、具体，且不得违反法律法规的强制性规定和公序良俗。

示例条款（仅供参考，具体条款应根据双方实际情况和法律法规进行制定）：

“双方确认，孩子XXX并非男方亲生。经协商，双方达成如下协议：

一、抚养权归女方所有，男方不承担孩子的抚养费。但男方有权在合理时间内探视孩子，具体探视时间和方式由双方另行协商确定。

二、双方就孩子未来的某些事项进行如下特别约定：……（此处可根据实际情况填写具体约定内容）

三、本协议自双方签字（或盖章）之日起生效，对双方均具有法律约束力。”

在制定离婚协议时，建议双方充分沟通、协商，并可寻求专业律师的帮助，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。