结论：在亲子鉴定中，若孩子与父亲非亲生但与母亲亲生，是否可以补办医学出生证明需视具体情况而定。一般来说，若原始医学出生证明遗失或信息有误，且能提供充分证据证明亲子关系（针对母亲），同时符合相关规定，通常可以补办。但若因非亲生关系导致原证明无效且无法通过合法途径确认亲子关系，则可能无法补办。

一、补办医学出生证明的一般规定

医学出生证明是婴儿出生时医院出具的证明文件，记录了婴儿的出生时间、地点、父母信息等关键内容。若该证明遗失或信息有误，通常可以按照相关规定进行补办。补办时，一般需要提供婴儿的出生记录、父母的身份证明以及可能需要的亲子关系证明等文件。

二、针对本问题的具体分析

1. 亲子关系确认：

   • 在本问题中，亲子鉴定结果显示孩子与父亲非亲生，但与母亲亲生。这意味着，针对母亲，亲子关系是明确的。
   • 若要补办医学出生证明，需要提供能证明孩子与母亲亲子关系的文件，如亲子鉴定报告（仅针对母亲部分）、出生记录等。

2. 补办条件与流程：

   • 补办医学出生证明通常需要满足一定的条件，如原始证明遗失、信息有误等。
   • 流程上，一般需要向出生医院或当地卫生行政部门提出申请，提交相关证明文件，并经过审核后才能补办。

3. 特殊情况考虑：

   • 若原医学出生证明因非亲生关系而被视为无效，且无法通过合法途径（如法律程序确认的收养关系等）确认孩子与父母的亲子关系，则可能无法补办。
   • 此外，若补办过程中涉及复杂的法律问题或争议，如父亲对亲子鉴定结果的质疑等，也可能影响补办的进程和结果。

三、建议与注意事项

1. 收集证据：

   • 在申请补办医学出生证明前，应尽可能收集能证明孩子与母亲亲子关系的证据，如亲子鉴定报告、出生记录等。

2. 了解流程与要求：

   • 向出生医院或当地卫生行政部门咨询补办医学出生证明的具体流程和要求，确保申请材料的完整性和准确性。

3. 寻求法律帮助：

   • 若在补办过程中遇到法律问题或争议，如父亲对亲子鉴定结果的质疑等，建议寻求专业律师的帮助，以维护自身合法权益。

4. 考虑其他途径：

   • 若因非亲生关系导致无法补办医学出生证明，且该证明对孩子的生活、教育等产生重要影响，可以考虑通过法律程序确认收养关系等其他途径来解决问题。

总结：针对您提出的问题，是否可以补办医学出生证明需视具体情况而定。在准备补办时，请务必了解相关规定和流程，并收集充分的证据来支持您的申请。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。