青苗补偿费的支付主体需根据具体法律关系及合同约定确定，一般存在以下两种情形：

1. 若甲方为土地征收方或用地单位，通常由甲方支付
   根据《土地管理法》第四十八条，征收土地应依法足额支付土地补偿费、安置补助费及地上附着物（含青苗）补偿费。此时甲方作为征收主体，需直接向被征地农民或权利人支付青苗补偿费。例如：政府征收农村集体土地用于建设，补偿费用由政府（甲方）承担。

2. 若施工单位因施工行为导致青苗损毁，可能由施工单位支付
   若施工单位在未取得合法用地手续的情况下，擅自占用土地或因施工操作造成青苗损毁，则构成侵权。根据《民法典》第一千一百六十五条，施工单位需承担赔偿责任，支付青苗补偿费。例如：施工单位超范围施工压毁农田，需直接向农户赔偿。

实务建议：

• 核查土地征收程序是否合法，确认甲方是否已履行补偿义务；
  
• 审查施工合同是否约定青苗补偿责任归属，避免约定不明导致纠纷；
  
• 若发生争议，建议通过行政程序（如申请政府信息公开）或民事诉讼明确责任主体。
  

如有具体案例或合同条款需分析，可直接提供细节进一步咨询。