行政协议违约金的诉讼时效，需根据行政协议的订立时间及违约类型来确定，一般诉讼时效为三年或六个月，最长权利保护期间为二十年或五年。以下是对此问题的详细分析：
一、2015年5月1日之后订立的行政协议
起诉行政机关不依法履行、未按照约定履行协议的诉讼时效：
- 此类诉讼时效参照民事法律规范确定，即适用《民法典》第一百八十八条的规定。
- 诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的除外。
起诉行政机关变更、解除行政协议等行政行为的诉讼时效：
- 此类诉讼时效依照《行政诉讼法》及其司法解释确定。
- 公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。
- 因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
二、2015年5月1日之前订立的行政协议
- 在此之前，行政协议纠纷一般通过民事诉讼途径解决。
- 适用当时的《民法通则》等民事法律规范关于诉讼时效的规定，一般诉讼时效为两年，从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。
- 如果涉及最长权利保护期间，从权利被侵害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。
三、特殊情况的诉讼时效延长
- 在某些特殊情况下，如因不可抗力或其他不属于当事人自身原因耽误起诉期限的，当事人可以在障碍消除后的十日内向法院申请延长期限，但需得到法院的正当理由认可。
- 如果当事人已经通过其他途径提出了诉求，但这些途径并未能实质性地解决其争议，那么当事人在这些程序终结后仍然可以依法提起行政诉讼，这时的起诉期限从他们知道或应当知道这些程序终结之日起计算。
四、法律建议
- 及时行使权利：了解并遵守行政协议违约金的诉讼时效规定对于保护自己的合法权益至关重要。一旦发现行政机关存在违约行为，应及时行使权利，避免超过诉讼时效期间。
- 保留证据：在提起诉讼前，应充分收集并保留相关证据，如行政协议文本、违约行为证明、损失计算依据等，以便在诉讼中证明自己的主张。
- 寻求专业帮助：由于行政协议纠纷涉及复杂的法律问题和程序，建议当事人在处理此类纠纷时寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到有效维护。
在实际处理相关案件时，应综合考虑合同签订时间、具体行政行为类型以及是否存在特殊情况等因素，以确定准确的诉讼时效。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。