若遇到刑事案件摩托车被扣留的情况，首先不要慌张，应按照法律程序配合处理，并依法主张自身权利。具体处理步骤如下：

1. 确认扣留主体与法律依据
   需明确扣留摩托车的主体是公安机关（如交警、刑警）还是其他执法部门。根据《刑事诉讼法》第141条，在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押。若摩托车被认定为涉案财物（如作案工具、赃物），则扣留具有合法性；若与案件无关，则应及时返还。

2. 要求出具扣留法律文书
   根据《公安机关办理刑事案件程序规定》第228条，查封、扣押应当制作清单，写明财物名称、数量、特征，由侦查人员、持有人和见证人签名，并附相关法律文书（如《扣押决定书》）。若执法人员未出具书面文件，可要求其补办或说明理由，并保留沟通记录（如录音、书面申请）。

3. 核实扣留期限与程序合法性
   扣留期限需符合法律规定。例如，对作为证据使用的实物，应当随案移送；对不宜移送的，应当将其清单、照片或其他证明文件随案移送（《刑事诉讼法》第145条）。若扣留超期或程序违法（如未通知家属、未说明理由），可向办案机关提出异议，或通过内部监督渠道（如督察部门）反映。

4. 主张返还或解除扣留的情形

   • 与案件无关：若摩托车经审查与案件无关联，根据《刑事诉讼法》第145条，应当及时返还。
     
   • 查封、扣押错误：因错误查封、扣押造成损失的，可依据《国家赔偿法》第18条申请国家赔偿。
     
   • 案件终结：案件撤销、不起诉或判决无罪后，应立即返还被扣财物。

5. 通过法律途径维权
   若对扣留行为有异议，可采取以下措施：

   • 向办案机关提出申诉：书面说明理由，要求复核扣留决定。
     
   • 申请检察监督：向同级人民检察院申请立案监督或侦查活动监督。
     
   • 提起行政诉讼（如适用）：若扣留行为被认定为行政强制措施且违法，可依法起诉。

温馨提示：处理过程中需保留所有相关证据（如扣留凭证、沟通记录），并避免与执法人员发生冲突。若对法律程序不熟悉，可直接向我咨询具体操作步骤及风险防范。