您好，关于“个税缴纳能否证明劳动关系”的问题，这实际上涉及到了劳动关系认定的复杂性和多维度性。
首先，我们需要明确的是，个税缴纳本身并不能直接证明劳动关系的存在。个税缴纳是基于个人所得而进行的税务行为，它反映了个人在一定时期内从各种来源获得的收入情况，并据此缴纳相应的税款。然而，劳动关系的认定则是一个更为复杂和细致的过程，它涉及到劳动者与用人单位之间在经济、人身等方面的从属性关系。
在认定劳动关系时，我们通常会考虑以下几个方面的因素：
经济从属性：这指的是劳动者是否依赖于用人单位提供的劳动条件进行工作，以及用人单位是否按月支付劳动者工资等。如果劳动者是使用自己的工具或设备进行工作，并且收入结算方式与一般劳动关系中的工资支付方式存在显著差异，那么这可能就不符合经济从属性的特征。
人身从属性：这指的是劳动者在工作过程中是否受到用人单位的严格管理和约束，包括工作时间、地点、方式等方面的规定。如果劳动者在工作过程中具有较大的自由度和支配权，那么这可能就不符合人身从属性的特征。
其他相关证据：除了经济从属性和人身从属性外，我们还可以考虑其他相关证据，如劳动合同、工作证、考勤记录等，来辅助认定劳动关系的存在。
以您提供的案例为例，虽然水果店为小陈出具了《个人收入证明》，但法院在审理后认为，双方之间实际上并不存在劳动关系。这是因为小陈与水果店之间签订的是《运输协议》，双方按照运输路线和次数进行结算，且小陈在运输过程中具有较大的自由度和支配权，不符合劳动关系中的人身从属性特征。同时，《个人收入证明》所述工资金额与实际工资发放形式及标准也不相符。
因此，个税缴纳并不能单独作为证明劳动关系存在的依据。在认定劳动关系时，我们需要综合考虑多个方面的因素，并结合相关证据进行综合判断。如果您在劳动关系认定方面遇到问题或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业的劳动法律师或相关机构。