自然人独资企业中，投资人确实承担补充责任。以下是对这一问题的详细分析：
一、自然人独资企业的性质与投资人责任
自然人独资企业，即个人独资企业，是由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。这种企业形式的特点在于，企业的财产与投资人的个人财产在法律上并不完全分离，因此，当企业债务无法清偿时，投资人的个人财产将用于承担补充清偿责任。
二、投资人承担补充责任的具体情形
企业财产不足以清偿债务时：
- 当自然人独资企业的财产不足以清偿其全部债务时，投资人需要以其个人的其他财产来承担补充清偿责任。这意味着，债权人在企业财产耗尽后，有权要求投资人用其个人财产继续清偿债务。
投资人以家庭共有财产出资时：
- 如果投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资，那么应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。这种情况下，投资人的家庭财产也将成为清偿企业债务的来源。
三、法律依据与实务操作
- 法律依据：根据《中华人民共和国个人独资企业法》的相关规定，个人独资企业投资人对企业债务承担无限责任。这是法律对自然人独资企业投资人责任的基本规定。
- 实务操作：在实务中，当自然人独资企业出现债务问题时，债权人通常会先要求企业用其财产进行清偿。如果企业财产不足以清偿全部债务，债权人会进一步要求投资人用其个人财产进行补充清偿。这一过程中，投资人需要积极配合债权人的清偿要求，否则可能面临法律诉讼和强制执行等后果。
四、风险提示与建议
- 风险提示：对于自然人独资企业的投资人而言，承担补充责任意味着其个人财产可能因企业债务而受到牵连。因此，在投资设立自然人独资企业时，投资人应充分评估自身的风险承受能力，并谨慎考虑以个人财产或家庭财产出资的决策。
- 建议：为了降低风险，投资人可以考虑采取以下措施：一是合理规划企业财产与个人财产的分离，避免财产混同；二是建立健全的企业财务管理制度，确保企业财产的独立性和完整性；三是考虑购买相关的责任保险，以分散和转移潜在的风险。
综上所述，自然人独资企业中投资人确实承担补充责任。这一责任制度的设计旨在保护债权人的合法权益，同时也提醒投资人在设立和运营自然人独资企业时需要谨慎行事。如果您在自然人独资企业的设立或运营过程中遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询。