劳务派遣公司员工的工资是由劳务派遣单位发放的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律关系与工资发放主体

在劳务派遣关系中，劳务派遣单位作为用人单位，与劳动者签订劳动合同，建立劳动关系。根据《劳动合同法》的相关规定，劳务派遣单位有义务按照劳动合同的约定，按月向被派遣劳动者支付工资，且工资不得低于当地最低工资标准。因此，从法律关系上讲，劳务派遣公司员工的工资发放主体是劳务派遣单位。

二、工资发放的实际操作

虽然工资发放主体是劳务派遣单位，但在实际操作中，用工单位会按照与劳务派遣单位的协议，将包含劳动者工资在内的派遣费用支付给劳务派遣单位。劳务派遣单位在收到费用后，再按照劳动合同的约定，将工资支付给劳动者。这种操作方式并不改变工资发放的主体，只是资金流转的一个环节。

三、工资发放问题的维权途径

如果劳务派遣单位出现拖欠或克扣员工工资的情况，员工有权依法向其主张权利。具体维权途径包括：

1. 与劳务派遣单位协商：员工可以首先尝试与劳务派遣单位进行协商，要求其支付拖欠的工资。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求劳务派遣单位支付拖欠的工资及相应的赔偿。
3. 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满，员工还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

四、特殊情况下的工资发放

在某些特殊情况下，如劳务派遣单位违法法律规定，侵害派遣员工权益的，用工单位可能需要承担连带责任。这包括但不限于派遣单位侵吞派遣员工工资的情况。因此，在实际操作中，为了保障员工的权益，建议用工单位与劳务派遣单位在协议中明确工资发放的具体方式和时间，并考虑由用工单位直接支付工资给员工，以避免不法派遣单位卷款而逃的风险。

总结与建议：

劳务派遣公司员工的工资是由劳务派遣单位发放的。员工在遇到工资发放问题时，应首先与劳务派遣单位协商解决；协商无果的，可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。同时，用工单位也应与劳务派遣单位明确工资发放的具体方式和时间，以保障员工的权益不受侵害。如果您在劳务派遣工资发放方面存在疑问或遇到困扰，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。