关于自己代理药品耗材通过商业公司做到医院是否违法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来详细分析。以下是从不同角度进行的法律分析：
药品与耗材的合法性：
- 首先，必须确保所代理的药品和耗材是合法生产的，具有相应的生产许可证和注册批件。如果药品或耗材本身存在质量问题或是假冒伪劣产品，那么无论通过何种渠道销售，都是违法的。
- 此外，还需关注药品和耗材是否属于国家管制范围，如麻醉药品、精神药品等，这些产品的销售和使用受到严格限制。
代理行为的合法性：
- 代理行为本身需要合法。如果你作为个人没有药品或医疗器械的经营资质，而直接从事药品或耗材的代理销售活动，这可能构成无证经营，违反《药品管理法》或《医疗器械监督管理条例》等相关法律法规。
- 即便你通过商业公司进行代理，也需要确认该商业公司是否具有合法的药品或医疗器械经营资质，以及你是否与其建立了合法的代理关系。
销售渠道的合规性：
- 医院作为药品和耗材的最终使用者，其采购渠道需要符合相关规定。如果你通过商业公司向医院销售药品或耗材，需要确保该商业公司与医院之间的交易是合法合规的，包括但不限于合同签订、发票开具、货款支付等环节。
- 特别需要注意的是，如果商业公司或你个人存在向医院工作人员行贿、提供回扣等不正当行为，以获取销售机会，这不仅违反了商业道德，更可能构成行贿罪等刑事犯罪。
税务与财务的合规性：
- 在代理销售过程中，还需要关注税务和财务的合规性。包括但不限于按时缴纳税款、开具合法的增值税发票、保持完整的财务记录等。如果存在偷税漏税、虚开发票等违法行为，同样会面临法律制裁。
法律建议：
- 在从事药品或耗材的代理销售活动前，务必了解并遵守相关法律法规，确保自身行为的合法性。
- 如果不具备药品或医疗器械的经营资质，建议通过合法途径与具有资质的商业公司建立合作关系，避免个人直接从事销售活动。
- 在与医院或商业公司进行交易时，务必签订合法有效的合同，明确双方的权利和义务，确保交易过程的合规性。
- 注重税务和财务的合规性，按时缴纳税款，保持完整的财务记录，避免因税务问题而引发的法律风险。
可能面临的法律后果：
- 如果违反相关法律法规，可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销许可证等。
- 在严重情况下，如涉及行贿、销售假冒伪劣产品等犯罪行为，还可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
总结来说，自己代理药品耗材通过商业公司做到医院是否违法，取决于多个因素的综合考量。为了确保自身行为的合法性，建议在从事相关活动前咨询专业律师或法律机构，获取具体的法律意见和指导。如果你有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供帮助。