在轻伤案件中，如果致伤原因查不清，法院不一定会判决故意伤害罪。这主要是因为故意伤害罪的认定需要综合主客观要件进行判断，而致伤原因的不明确可能影响到对行为人主观故意的认定。以下是对此问题的详细分析：
一、故意伤害罪的认定标准
根据《刑法》的相关规定，故意伤害罪是指故意非法损害他人身体健康的行为。要构成故意伤害罪，需要满足以下条件：
- 主观方面：行为人须有故意伤害他人身体的故意，即明知自己的行为会造成他人身体伤害的结果，并且希望或者放任这种结果发生。如果是过失导致他人轻伤，不构成故意伤害罪。
- 客观方面：要有伤害他人身体的行为，且该行为直接或间接地给他人身体造成了轻伤的后果。轻伤的认定需依据《人体损伤程度鉴定标准》，由专业的鉴定机构作出。
- 因果关系：伤害行为与轻伤结果之间存在刑法上的因果关系，即轻伤结果是由行为人的伤害行为所直接引起的。
二、致伤原因查不清对故意伤害罪认定的影响
在轻伤案件中，如果致伤原因查不清，可能会影响到对行为人主观故意的认定。因为，如果无法确定致伤原因，就难以判断行为人是否有故意伤害他人身体的故意。例如，如果致伤是由于意外事件或者正当防卫导致的，那么行为人就不构成故意伤害罪。
三、司法实践中的处理方式
- 全面审查证据：在司法实践中，法院会全面审查案件证据，包括言词证据、物证、鉴定意见等，以判断行为人的主观心态和客观行为。如果致伤原因查不清，但其他证据能够证明行为人有故意伤害他人身体的故意，并且造成了轻伤的后果，那么法院仍然可能认定行为人构成故意伤害罪。
- 不构成犯罪的情况：如果经过全面审查证据后，仍然无法确定致伤原因，且没有其他证据能够证明行为人有故意伤害他人身体的故意，那么法院可能不会认定行为人构成故意伤害罪。此时，如果行为人的行为符合其他罪名的构成要件，如寻衅滋事罪等，可能会以其他罪名追究其刑事责任。
四、建议与措施
- 积极配合调查：对于涉及轻伤的案件，行为人应积极配合公安机关的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。这有助于查明案件事实，为法院的判决提供有力依据。
- 寻求法律帮助：如果行为人认为自己可能涉及故意伤害罪，应及时寻求专业律师的法律帮助。律师可以为行为人提供法律咨询、代理申诉、辩护等服务，维护其合法权益。
总结来看，在轻伤案件中，如果致伤原因查不清，法院不一定会判决故意伤害罪。这需要根据案件的具体情况，综合主客观要件进行判断。如果你或他人涉及此类案件，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。