关于注册资本5万元、股东为法人的公司是否需要做收益所有人备案的问题，结论是：这取决于公司的具体情况以及相关法律法规的具体要求，但通常情况下，若公司符合特定条件，是需要进行收益所有人备案的。

一、收益所有人备案的法律依据与目的

首先，我们需要明确收益所有人备案的法律依据。根据《中华人民共和国反洗钱法》及相关规定，为了预防洗钱和恐怖融资活动，维护金融秩序，金融机构和特定非金融机构需要对其客户进行身份识别，并了解客户的最终受益所有人。这里的“特定非金融机构”可能包括某些类型的公司，尤其是那些可能涉及复杂股权结构或跨境交易的公司。

收益所有人备案的目的在于确保金融机构和监管机构能够追踪到资金的实际控制人和受益者，从而有效打击洗钱、恐怖融资等违法犯罪活动。

二、公司是否需要进行收益所有人备案的考量因素

1. 公司类型与业务性质：

   • 如果公司属于金融机构或从事特定金融业务（如支付、基金管理等），则几乎肯定需要进行收益所有人备案。
   • 对于非金融机构，如果其业务涉及大额资金流动、跨境交易或复杂股权结构，也可能被要求进行备案。

2. 股东结构：

   • 股东为法人的公司，其收益所有人的识别可能更为复杂。需要穿透法人股东，识别其背后的自然人股东或实际控制人。
   • 如果法人股东本身也是由其他法人控制的，可能需要多层穿透，直至识别到自然人收益所有人。

3. 注册资本与规模：

   • 注册资本的多少并不是决定是否需要进行收益所有人备案的唯一因素。但一般来说，规模较大、业务复杂的公司更可能被要求备案。
   • 然而，即使注册资本较小，如果公司业务涉及高风险领域或复杂交易结构，也可能需要备案。

4. 监管要求：

   • 不同地区、不同行业的监管要求可能有所不同。因此，公司需要关注其所在地区和行业的具体监管规定。

三、实际操作建议

1. 咨询当地监管机构：

   • 最直接的方法是咨询公司所在地的金融监管机构或反洗钱主管部门，了解具体的备案要求和流程。

2. 自我评估与准备：

   • 公司可以自行评估其业务性质、股东结构等因素，判断是否可能需要进行收益所有人备案。
   • 如果需要备案，公司应提前准备相关文件和信息，如股东名册、股权结构图、自然人股东身份证明等。

3. 寻求专业帮助：

   • 如果公司对备案流程不熟悉或存在疑问，可以寻求专业律师或咨询机构的帮助。

总结来说，注册资本5万元、股东为法人的公司是否需要进行收益所有人备案，并没有一个绝对的答案。它取决于公司的具体情况、业务性质、股东结构以及所在地区和行业的监管要求。因此，我建议公司根据自身情况，咨询当地监管机构或专业律师，以获取最准确、最权威的指导。如果有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。