在乡镇集体企业注销后，确认劳动关系的诉讼主体通常取决于企业注销后的权利义务承继情况。以下是从不同角度进行的分析：
若企业注销后权利义务由其他主体承继：
- 诉讼主体：在这种情况下，如果乡镇集体企业注销后，其权利义务由其他企业或组织承继，那么确认劳动关系的诉讼主体应当是该承继权利义务的企业或组织。这是因为，根据法律规定，企业注销后，其原有的权利义务应当由承继者承担，包括与员工之间的劳动关系。
- 法律依据：虽然具体的法律条款可能因地区和具体情况而异，但一般原则是，企业注销不意味着其法律责任的消失，而是由承继者继续承担。
若企业注销后无权利义务承继主体：
- 诉讼主体：如果乡镇集体企业注销后，没有明确的权利义务承继主体，那么确认劳动关系的诉讼可能会面临一定的困难。在这种情况下，员工可能需要通过法律途径，如申请劳动仲裁或提起诉讼，来寻求法律救济。在诉讼过程中，法院可能会根据具体情况，指定或认定相关的责任主体。
- 实际操作：员工可以首先尝试与企业原股东、出资人或相关政府部门进行协商，看是否能够达成一致意见。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
特殊情况下的诉讼主体：
- 清算组或破产管理人：如果乡镇集体企业注销是因为破产清算，那么在清算过程中，清算组或破产管理人可能会成为临时的诉讼主体，代表企业处理与员工之间的劳动关系问题。
- 政府部门介入：在某些情况下，如果乡镇集体企业的注销涉及到政府行为或政策调整，政府部门可能会介入处理相关事宜，包括与员工之间的劳动关系确认问题。
法律建议：
- 在面对乡镇集体企业注销后确认劳动关系的问题时，员工应当首先收集相关证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以证明自己与企业之间存在劳动关系。
- 员工可以尝试与企业原股东、出资人或相关政府部门进行协商，寻求解决方案。
- 如果协商无果，员工应当及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的诉讼途径，以便通过法律途径维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果员工能够成功确认与乡镇集体企业之间的劳动关系，并证明企业注销后未妥善处理其劳动关系问题，那么员工有权要求企业承继者或相关责任主体承担相应的法律责任，如支付工资、经济补偿等。
- 如果员工未能成功确认劳动关系或未能证明企业存在违法行为，那么其可能无法获得相应的法律救济。
在处理此类问题时，建议员工保持冷静，积极收集证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。