结论前置：

1. 若存在责任方且其有责任承担：剩余1000元一般由责任方承担。
2. 若不存在明确责任方或责任方无力承担：可能需通过协商、诉讼等途径解决，或由受损方自行承担。

详细分析：

在电瓶车定损3000元，而保险公司仅出2000元的情况下，剩余的1000元应由谁承担，这主要取决于事故的责任划分以及保险合同的约定。

1. 责任划分：

   • 如果电瓶车事故是由另一方（如机动车、行人或其他电瓶车）的责任造成的，且该责任方被认定为需要承担全部或部分损失，那么剩余的1000元应由该责任方承担。这通常需要通过交警部门的事故责任认定书来确定。
   • 如果电瓶车车主自身存在过错（如违规行驶、未注意安全等），且该过错与事故发生有直接关系，那么车主可能需要自行承担部分或全部剩余损失。

2. 保险合同约定：

   • 保险公司出险赔偿的金额通常受到保险合同的限制。如果保险合同中规定了赔偿上限或免赔额，且定损金额超过了这些限制，那么超出部分可能需要由车主自行承担。
   • 另外，如果车主未购买足够的保险（如未购买不计免赔险），或者保险合同中有其他特殊约定（如某些情况下保险公司不承担赔偿责任），也可能导致保险公司不赔偿全部损失。

3. 其他情况：

   • 如果事故责任无法明确划分，或者责任方无力承担剩余损失，那么车主可能需要通过协商、调解或诉讼等途径来解决争议。
   • 在某些情况下，如果车主认为保险公司的定损金额不合理，或者保险公司拒绝赔偿剩余部分，车主也可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。