结论是：甲方与乙方签订合同时，使用乙方的合同版本，且合同上有乙方的标识和合同编号格式，这一做法本身并不违法，但需确保合同内容合法、双方意思表示真实，并符合相关法律法规的规定。
一、合同版本的使用
在合同签订过程中，使用哪一方的合同版本并不是法律所严格规定的。关键在于合同的内容是否合法、合规，以及双方是否在平等、自愿的基础上达成了合意。因此，甲方使用乙方的合同版本，并在合同上标注乙方的标识和合同编号格式，这一做法在形式上并不构成违法。
二、合同内容的合法性
条款合法性：无论使用哪一方的合同版本，合同中的条款都必须符合法律法规的规定，不得含有违法、违规的内容。例如，合同中不得约定排除对方主要权利、加重对方责任的条款，也不得违反法律、行政法规的强制性规定。
双方意思表示真实：合同的签订必须基于双方真实的意思表示。如果甲方在使用乙方合同版本时，对合同内容进行了修改或添加了不合理的条款，而乙方在不知情或被迫的情况下签订了合同，那么这样的合同可能是无效的或可撤销的。
三、合同编号与标识的影响
合同编号：合同编号主要是为了方便合同的管理和归档。使用乙方的合同编号格式，并不会对合同的法律效力产生直接影响。但需要注意的是，合同编号应当唯一且清晰，以避免混淆和误解。
乙方标识：在合同上标注乙方的标识，同样不会对合同的法律效力产生直接影响。但这一做法可能涉及到品牌宣传或商业秘密的问题。如果乙方不希望其标识被用于其他目的，或者合同中涉及了乙方的商业秘密，那么双方应当在合同中明确约定相关事项。
四、法律建议
审查合同内容：在签订合同前，双方应当仔细审查合同内容，确保条款合法、合规，并符合双方的利益需求。
明确双方权利义务：合同中应当明确双方的权利和义务，避免出现模糊不清或容易引起争议的条款。
保留相关证据：在签订合同过程中，双方应当保留好相关证据，如邮件往来、聊天记录等，以备不时之需。
咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些法律建议，但每个具体案件都有其独特性。因此，在签订重要合同前，建议您咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
如果您在合同签订过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。