工程合同无效时，法院的判决将依据相关法律法规及司法解释，综合考虑合同无效的原因、工程实际情况及双方当事人的过错程度等因素进行。

一. 合同无效的判断

1. 承包人资质问题：若承包人未取得或超越资质等级，或借用资质签订合同，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条及《建筑法》相关规定，合同将被认定为无效。

2. 招标与中标问题：对于必须进行招标的项目，如未招标或中标无效，同样依据《招标投标法》及上述司法解释，合同无效。

3. 合同转包与分包问题：非法转包、违法分包行为，依据《民法典》第七百九十一条及《建筑法》，也会导致合同无效。

4. 工程审批手续问题：若发包人未取得相关审批手续即签订合同，根据司法解释，合同可能无效。但起诉前取得审批手续的，合同效力可补正。

二. 合同无效后的处理

1. 工程验收情况：

   • 验收合格：根据《民法典》第七百九十三条第一款，即使合同无效，但建设工程经验收合格的，发包人可以请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
   • 验收不合格：若修复后仍不合格，承包人无权请求折价补偿；若修复后合格，发包人可以请求承包人承担修复费用。

2. 过错责任承担：对于合同无效，双方均有过错的，应各自承担相应的责任。例如，若承包人明知自己无资质仍签订合同，发包人明知承包人无资质仍选择其施工，双方均应承担一定责任。

三. 实际案例说明

• 以李某某与丁建设公司案为例，李某某无建筑资质，以挂靠方式签订合同，合同被认定为无效。但工程完工后经验收合格，法院依据《民法典》第七百九十三条第一款，判决丁建设公司参照合同关于工程价款的约定支付工程款。

综上所述，工程合同无效时，法院将依据相关法律法规及司法解释，综合考虑合同无效的原因、工程实际情况及双方当事人的过错程度等因素进行判决。对于已完成的工程质量合格的部分，法院通常会采取折价补偿的方式处理工程款。同时，双方当事人也应根据自身过错承担相应的责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。