当集体协商中工会与企业发生争议时，处理方式及流程如下：
申请协调处理：双方当事人若不能通过协商解决争议，一方或双方可以书面向劳动保障行政部门提出协调处理申请。若双方均未提出申请，但劳动保障部门认为必要时，也可主动进行协调处理。
组织协调处理：劳动保障部门在受理申请后，会组织同级工会和企业组织等三方面的人员，共同协调处理集体协商争议。
协调处理期限：协调处理集体协商争议的工作应当自受理协调处理申请之日起30日内结束。若期满未结束，可以适当延长协调期限，但延长期限不得超过15日。
协调处理程序：在协调处理过程中，会遵循一定的程序进行，确保双方的权益得到公正对待。
协调处理结果：协调处理后，会制作《协调处理协议书》，载明协调处理申请、争议的事实和协调结果。若双方当事人就某些协商事项不能达成一致，应将继续协商的有关事项予以载明。《协调处理协议书》由集体协商争议协调处理人员和争议双方首席代表签字盖章后生效，争议双方均应遵守。
综上所述，集体协商中工会与企业发生争议时，应通过向劳动保障行政部门申请协调处理的方式来解决。在协调处理过程中，双方应积极配合，遵循处理程序，以期达成满意的解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。