小微企业违法行为由多个政府部门协同调查与处罚。具体来说：

1. 市场监督管理部门：负责监管小微企业在市场经营活动中的违法行为，如销售假冒伪劣产品、不正当竞争等。依据相关法律法规，市场监督管理部门有权进行调查、处罚。

2. 税务部门：专注于小微企业的税务合规性检查，对偷税、漏税、逃税等行为进行严厉查处，并依据《税收征收管理法》等法律法规进行处罚。

3. 环境保护部门：针对小微企业在生产经营过程中可能存在的环境污染问题，如超标排放、未建或未运行环保设施等，依法进行监管和处罚。

4. 劳动保障部门（人力资源和社会保障部门）：监督小微企业遵守劳动法律法规，对拖欠工资、不缴社保等行为进行纠正和处罚，保护劳动者的合法权益。

5. 安全生产监管部门（应急管理部门）：负责小微企业的安全生产监管，对未按标准生产、存在安全隐患不整改等行为进行查处，确保企业的安全生产。

6. 公安机关与检察机关：对于涉及经济犯罪、环境污染犯罪、安全生产犯罪等刑事案件的小微企业及其相关人员，公安机关将依法立案侦查，检察机关则负责审查起诉。

综上所述，小微企业的违法行为将面临多个政府部门的协同监管与处罚。因此，小微企业应严格遵守国家法律法规，确保合法经营，避免不必要的法律风险。如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将竭诚为您解答。