若电拖船有证但存在违规行为，处罚方式需根据具体违规情形确定，具体如下：
若电拖船存在超载、超速、未按规定航行路线行驶等违反水上交通管理规定的行为
根据《中华人民共和国海上交通安全法》第九十六条，船舶违反水上交通安全管理规定的，由海事管理机构责令改正，处二万元以上十万元以下罚款；情节严重的，暂扣船长、责任船员的船员适任证书十二个月至二十四个月，直至吊销船员适任证书。
例如，电拖船在航行中未保持安全航速，导致与其他船舶发生碰撞风险，海事部门可依据上述条款进行处罚。
若电拖船存在污染水域、违规排放等违反环境保护规定的行为
根据《中华人民共和国水污染防治法》第九十条，船舶排放含油污水、生活污水或者违反规定排放废弃物的，由海事管理机构责令停止违法行为，处一万元以上十万元以下的罚款；造成水污染的，责令限期采取治理措施，消除污染，处二万元以上二十万元以下的罚款；逾期不采取治理措施的，海事管理机构可以指定有治理能力的单位代为治理，所需费用由船舶承担。
例如，电拖船将机舱油污水直接排入水域，海事部门可依据该条款进行处罚。
若电拖船存在未按规定配备船员、船员未持证上岗等违反船员管理规定的行为
根据《中华人民共和国船员条例》第五十三条，船舶未按照规定配备船员或者未保证船员符合适任要求的，由海事管理机构责令改正，处五万元以上五十万元以下的罚款；逾期不改正的，责令停航或者停止作业。
例如，电拖船未配备足够数量的持证船员，或者船员未持有有效的船员适任证书，海事部门可依据该条款进行处罚。
若电拖船有证且无违规行为，仅因检查被暂扣，需核实检查合法性
若电拖船持有有效的船舶证书、船员适任证书，且航行、作业符合相关规定，但被海事部门无故暂扣，船东或经营人可要求海事部门出具书面暂扣理由及依据。若认为暂扣行为违法，可依据《中华人民共和国行政复议法》申请行政复议，或依据《中华人民共和国行政诉讼法》提起行政诉讼。
建议：若电拖船被查，应首先配合海事部门调查，提供相关证书及资料；若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。