结论：是否会被检察院起诉，取决于法院划扣客户货款的具体原因、行为性质以及后续是否构成犯罪等因素，不能一概而论。以下从不同角度进行分析。
一、若法院划扣货款行为合法且后续积极还款，一般不构成犯罪，不会被起诉
法院划扣的合法性：
- 法院划扣客户货款，通常是在执行生效法律文书（如判决书、裁定书）的过程中，对被执行人财产采取的强制措施。如果划扣行为本身合法，即基于有效的法律文书，且程序合规，那么该行为本身不构成犯罪。
积极还款的影响：
- 在法院划扣货款后，如果积极将划扣的款项返还给客户，这表明行为人具有履行义务的意愿和行动，有助于消除或减轻其行为的违法性。如果这种还款行为是自愿的、及时的，并且没有造成其他严重后果，那么一般不构成犯罪，因此不会被检察院起诉。
二、若法院划扣货款行为违法或后续行为构成犯罪，则可能被起诉
法院划扣的违法性：
- 如果法院划扣货款的行为本身违法，如没有有效的法律文书作为依据，或者划扣程序存在严重违规，那么该行为可能构成非法处置查封、扣押、冻结的财产罪等犯罪。在这种情况下，即使后续积极还款，也可能因为之前的违法行为而面临检察院的起诉。
后续行为构成犯罪：
- 除了法院划扣行为本身可能构成犯罪外，如果后续在还款过程中存在其他违法行为，如伪造证据、妨碍诉讼等，也可能构成犯罪，从而被检察院起诉。
三、其他可能影响是否被起诉的因素
行为人的主观意图：
- 行为人的主观意图也是判断是否构成犯罪的重要因素。如果行为人明知法院划扣货款的行为违法，或者具有其他恶意目的（如侵占客户财产），那么即使后续积极还款，也可能因为主观上的恶意而被起诉。
行为的后果和影响：
- 行为的后果和影响也是判断是否构成犯罪的重要考虑因素。如果法院划扣货款的行为导致了客户严重的经济损失或其他不良后果，那么即使后续积极还款，也可能因为行为的严重性和社会影响而被起诉。
建议：
- 如果您面临类似情况，建议首先确认法院划扣货款的行为是否合法，以及后续还款行为是否及时、自愿。
- 如果您对法院的划扣行为或后续还款行为存在疑虑或担忧，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律风险。
- 在任何情况下，都应遵守法律法规，尊重法院的判决和裁定，积极履行自己的义务，以避免不必要的法律纠纷和风险。
如有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会运用我的专业知识和经验，为您提供全面、准确的法律建议。