在货物买卖合同纠纷中，若您已履行赔偿义务但对方不配合，您可以采取以下措施来维护自身权益：
一、留存证据，明确事实
首先，务必妥善留存所有与赔偿及合同履行相关的证据。这些证据包括但不限于：
- 赔偿凭证：如转账记录、收据等，证明您已实际履行了赔偿义务。
- 合同文本：明确双方的权利义务，特别是关于赔偿后对方应配合的事项。
- 沟通记录：与对方就赔偿及后续配合事宜的沟通记录，包括邮件、短信、微信等，以证明您已积极履行告知义务。
二、友好沟通，了解原因
在留存好证据后，主动与对方展开友好的沟通交流。了解对方不愿配合的具体原因，可能是对赔偿金额有异议、对后续处理流程不了解，或是存在其他个人原因。通过平等协商的方式，尝试化解矛盾、解决问题。
三、法律途径，强制履行
若沟通无果，您可以考虑通过法律途径来维护自身权益。具体步骤如下：
向法院提起民事诉讼：
- 诉讼请求：明确要求对方履行配合义务，如协助办理货物交接、提供必要文件等。
- 事实依据：提供上述留存的证据，证明您已履行赔偿义务，且对方的不配合行为已给您带来实际损失。
- 管辖法院：根据合同约定或法律规定，选择有管辖权的法院提起诉讼。
申请法院强制执行：
- 若法院判决对方履行配合义务，但对方仍拒不执行，您可以向法院申请强制执行。
- 法院将依法采取强制措施，如查封、扣押对方财产，或对其采取罚款、拘留等措施，以迫使对方履行义务。
四、注意事项
- 诉讼时效：在整个过程中，要持续关注诉讼时效等法律规定，避免因自身疏忽而影响权益维护。
- 专业协助：虽然您可以自行处理这些事务，但考虑到法律程序的复杂性和专业性，建议您在必要时寻求专业律师的协助，以确保您的权益得到充分保障。
五、可能后果
- 对方承担法律责任：若对方的不配合行为构成违约或侵权，其可能需要承担法律责任，包括赔偿您因此遭受的损失。
- 影响对方信用：长期不配合且拒不履行法院判决的行为，可能会影响对方的信用记录，对其未来的商业活动产生不利影响。
面对对方不配合的情况，您应保持冷静，通过合法途径来维护自身权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。