申请公司律师在特定条件下可以代理全资子公司的案子。以下是对此问题的详细分析：

一. 法律层面的可行性

1. 公司律师的代理权限：根据相关法律法规，公司律师作为公司的法律顾问，有权在公司的授权范围内代理公司的法律事务。这包括代理全资子公司的案件，但前提是需要得到全资子公司的明确授权。
2. 全资子公司的独立性：虽然全资子公司在法律上具有独立性，但其与母公司之间存在紧密的控制关系。在母公司对子公司进行充分授权的情况下，公司律师可以代理子公司的案件。

二. 实际操作中的考量因素

1. 授权委托的明确性：公司律师代理全资子公司的案件时，必须确保有全资子公司出具的明确授权委托书。该委托书应详细列明代理权限和范围，以确保代理行为的合法性和有效性。
2. 利益冲突的避免：在代理过程中，公司律师需要特别注意避免利益冲突。如果案件涉及母公司和子公司之间的利益纷争，或者可能产生不同利益影响的情况，公司律师应谨慎评估是否适合代理该案件。
3. 专业能力的要求：公司律师需要具备处理相关案件的专业知识和技能。对于不同类型的案件，如合同纠纷、知识产权纠纷等，公司律师应确保自己在相应领域有足够的专业素养和经验。

三. 特别提醒

• 在代理全资子公司的案件时，公司律师应始终保持高度的职业道德和专业素养，确保代理行为的合法性和正当性。
• 如有进一步需要，您可以继续咨询我，以获取更具体的法律建议和指导。

综上所述，申请公司律师在得到全资子公司的明确授权，并确保无利益冲突的情况下，可以代理全资子公司的案子。