检察院认定违法所得主要依据行为的非法性、财物来源的违法性、财物与违法行为的因果关系，以及对第三人利益的保护等多个方面。以下是对这些认定依据的详细阐述：
行为的非法性：
- 违法所得的认定首先以行为的非法性为前提。这意味着，只有当行为违反法律（包括刑事法律和行政法律）时，其所得才可能被认定为违法所得。
- 例如，在刑事案件中，犯罪嫌疑人通过盗窃、抢劫、诈骗等非法手段获得的财物，显然属于违法所得。
财物来源的违法性：
- 违法所得不仅限于犯罪所得，还包括其他非犯罪但违法的所得。这主要依据的是财物来源的违法性。
- 根据相关法律规定，对于被不起诉人需要给予行政处罚、行政处分或者需要没收其违法所得的，检察机关应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。这表明，违法所得所违反的法律不仅限于刑事法律，还包括行政法律。
财物与违法行为的因果关系：
- 要分辨财物是否属于违法所得，需要有证据证明该财物是行为人实施违法行为所获得。即财物获得与违法行为具有刑法上的因果关系，违法行为是财物获得的条件。
- 例如，犯罪嫌疑人利用犯罪所得进行投资或置业，形成的财产及其增值部分，也应视为违法所得。
对第三人利益的保护：
- 在认定违法所得时，还需要考虑对第三人利益的保护，包括对被害人财产的保护和善意第三人利益的保护。
- 对于被害人财产，应确保及时、全面返还。当被害人财物实体不能返还时，要遵循“民事优先”的原则，在涉案财物中先赔偿被害人的损失。
- 对于善意第三人，如果其以理性经济人的判断，在公开、合法的场合付出合适的对价，获得“违法所得”，并进行了相应的权利公示，则不应由善意第三人承担犯罪人恶行之果。此时，违法所得应适用善意取得制度，但具体适用范围和条件还需详细规定。
法律依据：
- 《人民检察院刑事诉讼规则》第五百一十五条明确规定：“犯罪嫌疑人、被告人通过实施犯罪直接或者间接产生、获得的任何财产，应当认定为‘违法所得’。违法所得已经部分或者全部转变、转化为其他财产的，转变、转化后的财产应当视为前款规定的‘违法所得’。来自违法所得转变、转化后的财产收益，或者来自已经与违法所得相混合财产中违法所得相应部分的收益，也应当视为第一款规定的违法所得。”
实际案例中的认定：
- 在实际案例中，检察院会结合具体案情，依据上述认定依据，对违法所得进行全面、细致的审查。例如，在涉及贪污、受贿等职务犯罪的案件中，检察院会追查犯罪嫌疑人的财产来源，确认其是否通过非法手段获得，并据此认定违法所得。
建议与注意事项：
- 对于涉及违法所得的案件，建议当事人积极配合检察院的调查工作，如实陈述案情，提供相关证据。
- 同时，当事人也有权对检察院的认定提出异议，并通过合法途径维护自己的权益。
如有任何关于违法所得认定或其他法律问题的疑问，欢迎直接向我咨询。