结论：第三人在监狱，判决书上写其“拒不到庭”是否合法，需视具体情况而定，但通常法院会采取相应措施确保第三人参与诉讼，直接判定“拒不到庭”可能存在程序瑕疵。
一、第三人在监狱的诉讼参与问题
当第三人因犯罪被羁押在监狱时，其诉讼权利仍应得到保障。根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，被羁押的当事人有权参与诉讼，法院也有义务确保其诉讼权利的实现。具体来说：
法院应采取的措施：
- 法院在得知第三人被羁押在监狱后，应主动与监狱管理部门联系，安排第三人通过视频会议、到庭或其他合法方式参与诉讼。
- 若第三人因健康、安全等原因确实无法到庭，法院应考虑延期审理或采取其他替代性措施，如书面审理、询问第三人意见等。
“拒不到庭”的判定：
- “拒不到庭”通常指当事人经法院合法传唤后，无正当理由拒绝到庭参加诉讼。
- 若第三人因被羁押而无法到庭，且法院未采取合理措施确保其参与诉讼，直接判定“拒不到庭”可能不合法。
- 若法院已采取合理措施，但第三人仍拒绝参与（如通过视频会议等方式），且无正当理由，则可能构成“拒不到庭”。
二、判决书上写“拒不到庭”的合法性分析
程序合法性：
- 法院在判决书上写“拒不到庭”前，应确保已履行合法传唤程序，并给第三人提供了合理的参与诉讼机会。
- 若法院未履行上述程序，直接判定“拒不到庭”可能违反法定程序，影响判决的公正性和合法性。
实体合法性：
- 从实体角度看，“拒不到庭”的判定应基于第三人的实际行为和法院采取的措施。
- 若第三人确实因被羁押而无法到庭，且法院未采取合理措施，则“拒不到庭”的判定缺乏事实依据。
三、建议与后续行动
对第三人的建议：
- 若第三人认为法院在判决书上写“拒不到庭”不合法，可向上级法院申请再审或提出申诉。
- 在申请再审或申诉时，应提供相关证据证明自己因被羁押而无法到庭，以及法院未采取合理措施的情况。
对其他当事人的建议：
- 若其他当事人认为法院在判决书上写“拒不到庭”影响判决结果，可咨询专业律师评估判决的合法性和公正性。
- 根据律师建议，可考虑是否提起上诉或申请再审。
总结：第三人在监狱时，判决书上写其“拒不到庭”是否合法需视具体情况而定。法院应确保第三人的诉讼权利得到实现，若未采取合理措施直接判定“拒不到庭”可能存在程序瑕疵。若对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。