当主合同约定法院管辖，而从合同约定仲裁时，两者约定的管辖机构相互独立，应分别按照各自的约定进行争议解决。具体分析如下：

1. 主合同与从合同管辖约定的独立性：

   • 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》第二十一条，若从合同（如担保合同）中已有仲裁约定，则法院对从合同无管辖权。这表明主合同和从合同在管辖约定上是相互独立的。
   • 主合同纠纷和从合同纠纷并非必须合并审理，当事人可以分别约定不同的争议解决方式。

2. 仲裁约定的效力：

   • 仲裁约定具有排除法院管辖的效力。一旦从合同中约定了仲裁，那么关于从合同的争议应通过仲裁解决，而不是诉讼。

3. 主合同管辖的确定：

   • 对于主合同，若约定了法院管辖，则应按照主合同的约定确定管辖法院。
   • 如果主合同和从合同都选择了诉讼作为争议解决方式，但约定的管辖法院不一致，此时应根据主合同来确定管辖法院。

4. 实际操作建议：

   • 在签订合同时，应明确主合同和从合同的管辖约定，避免产生不必要的纠纷。
   • 如已签订的主合同和从合同在管辖约定上存在冲突，应尽快与对方协商，明确争议解决方式。
   • 如无法协商一致，可能需要分别按照主合同和从合同的约定进行诉讼或仲裁。

综上所述，当主合同约定法院管辖，而从合同约定仲裁时，应尊重各自的管辖约定，分别进行争议解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。