当公司在破产程序中被发现存在抽逃出资的行为时，这是一个严重的问题，需要谨慎和迅速地处理。以下是对此情况的一些具体建议和处理方式：
一、识别与确认抽逃出资
首先，要准确判断是否存在抽逃出资的行为。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》，抽逃出资通常指的是未经法定程序，将用于公司的注册资本转出后未用于公司生产经营。这可能包括但不限于将出资款项转入公司账户验资后又转出的行为。确认抽逃出资需要详细的财务审查和审计，以确保有充分的证据支持这一结论。
二、法律责任与后果
民事责任：
- 抽逃出资的股东需向公司返还出资本息。
- 对公司债务不能清偿的部分，抽逃出资的股东在抽逃出资本息范围内对债权人承担补充赔偿责任。
- 其他协助抽逃出资的股东、董事、高管等也可能承担连带责任。
刑事责任：
- 如果抽逃出资数额巨大、后果严重或有其他严重情节，可能触犯《刑法》中的抽逃出资罪。
- 个人可能面临五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处抽逃出资金额百分之二以上百分之十以下的罚金。
- 单位犯罪的，单位将被判处罚金，并对相关责任人员依法处罚。
行政责任：
- 公司登记机关可以责令改正，并处以抽逃出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。
三、处理流程与建议
内部调查与审计：
- 立即启动内部调查，查明抽逃出资的具体情况，包括时间、金额、涉及人员等。
- 聘请专业的审计机构进行财务审计，确保调查结果的准确性和客观性。
法律咨询与诉讼：
- 咨询专业的法律顾问或律师，了解具体的法律责任和后果。
- 根据律师的建议，决定是否对抽逃出资的股东提起诉讼，要求其承担法律责任。
与债权人沟通：
- 及时与债权人沟通，解释情况，并承诺将采取积极措施追回抽逃的出资。
- 在必要时，与债权人协商达成和解或赔偿协议。
加强内部管理与监督：
- 完善公司的内部管理机制，加强对股东出资情况的监督和审核。
- 定期对公司的财务状况进行审计和检查，确保资金的安全和合规使用。
配合监管部门的调查：
- 如果监管部门介入调查，公司应积极配合，提供必要的资料和协助。
- 根据监管部门的意见和要求，及时整改和纠正存在的问题。
四、特殊情况处理
- 如果抽逃出资的股东已经将股权转让给第三方，且第三方在受让时不知道或不应知道存在抽逃出资的情况，那么第三方的责任可能需要根据具体情况来判断。
- 在处理涉及法人股东注销的情况时，可以考虑对法人的相关责任人员进行追溯和追诉，以确保法律责任的落实。
总之，处理破产程序中的抽逃出资问题需要谨慎而迅速的行动。通过内部调查、法律咨询、与债权人沟通以及加强内部管理与监督等措施，可以有效地应对这一问题，并最大程度地保护公司、股东和债权人的利益。